執業西藥師和主管藥師屬於不同的體系。執業西藥師屬於藥監系統，主管藥師屬於衛生系統。執業西藥師不能轉任主管藥師，但取得執業西藥師資格證書者可直接評定中級職稱。
執業西藥師是食品藥品監督管理局認可的。藥品監督管理局、人力資源和社會保障部辦公廳聯合發布《關於征求執業藥師職業資格制度規定和資格考試實施辦法意見的通知》。藥政辦函[2018]第165號，專業技術人員取得執業藥師職業資格，可考慮作為主管藥師或主管藥師職稱，並可作為申報更高級職稱的條件。根據工作需要，單位可以聘請執業藥師擔任主管西藥師專業技術職務，這是單位在工作崗位上的認可等級，不同於衛生部認可和評定的主管西藥師職稱。
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