本規定所稱水路運輸，是指在中華人民共和國管轄的通航水域內，始發港、停靠港和目的港使用船舶從事的營業性旅客運輸和貨物運輸。第三條水路運輸按經營區域分為沿海運輸和內河運輸，按經營類型分為貨物運輸和旅客運輸。
貨物運輸分為普通貨物運輸和危險貨物運輸。危險貨物運輸分為包裝、散裝固體和散裝液體危險貨物運輸。散裝液體危險貨物運輸包括液化氣運輸、化學品運輸、成品油運輸和原油運輸。普通貨物運輸包括拖運。
旅客運輸包括普通旅客運輸、客貨運輸和滾裝旅客運輸。第四條交通運輸部主管全國水路運輸管理工作，依照本規定實施相關水路運輸管理。
縣級以上地方人民政府交通主管部門主管本行政區域內的水路運輸管理工作。縣級以上地方人民政府負責水路運輸管理的部門或者機構(以下簡稱水路運輸管理部門)具體實施水路運輸管理。第二章水路運輸經營者第五條申請經營水路運輸業務，除個人申請經營內河普通貨物運輸業務外，還應當具備下列條件:
(壹)具有企業法人資格。
(二)有明確的業務範圍，包括業務領域和業務種類。水路旅客班輪運輸業務經營者還應當具備擬停靠的班期、班次、碼頭安排等可行的航線運營計劃。
(三)有符合本規定要求的船舶，自有船舶運力應符合附件1的要求。
(四)有符合本規定要求的海事和機務管理人員。
(五)有符合本規定條件並與其直接簽訂勞動合同的人員。
(六)有健全的安全管理制度，如安全管理機構和安全管理人員的建立制度、安全管理責任制、安全監督檢查制度、事故應急處理制度、崗位安全操作規程等。第六條個人只能申請經營內河普通貨物運輸業務，並應當具備下列條件:
(壹)經市場監督管理部門登記的個體工商戶；
(二)有符合本規定要求的船舶，且自有船舶運力不超過600總噸；
(三)有安全管理責任制、安全監督檢查制度、事故應急處置制度、崗位安全操作規程等安全管理制度。第七條水路運輸經營者投入營運的船舶應當具備下列條件:
(壹)與水路運輸經營者的經營範圍相適應。從事旅客運輸，應當使用普通客船、客貨船和滾裝客船(統稱客船)運輸；從事散裝液體危險貨物運輸的，應當使用液化氣船、化學品船、成品油船和原油船(統稱危險品船)進行運輸；從事普通貨物、包裝危險貨物和散裝固體危險貨物運輸的，可以使用普通貨船運輸。
(二)持有有效的船舶所有權登記證書、船舶國籍證書、船舶檢驗證書以及根據有關法律、行政法規證明船舶符合安全、防汙染和分類檢驗要求的其他證書。
(三)符合交通運輸部關於船舶技術標準、船齡和節能減排的要求。第八條除個體工商戶外，水路運輸經營者應當配備符合下列要求的專職海事和機務管理人員:
(1)海事和維修管理人員數量符合附件2的要求；
(二)海事和維修管理人員的資質與其業務範圍相適應:
1.從事普通貨物運輸的，應當具備不低於大副、大管輪的專業資格；
2.從事客船和危險品船運輸的，應當具備船長和輪機長資格。
根據船舶最低安全配員標準，水路運輸經營者經營的船舶均不需要配備船長、輪機長、大副或輪機員，其配備的海事和機務管理人員的專業資格應不低於所管理船舶的船員。
水路運輸經營者委托船舶管理企業提供海事、維修管理等服務的，應當按照《國內水路運輸輔助業管理規定》的有關規定執行。第九條除個體工商戶外，水路運輸經營者按照有關規定應當配備的高級船員中，直接簽訂壹年以上勞動合同的高級船員比例應當符合下列要求:
(壹)從事普通貨物運輸的高級船員比例不低於25%；
(2)客船、危險品船高級船員比例不得低於50%。第十條交通運輸部對長江幹線、西江航運幹線水上運輸距離60公裏以上的省際危險品船舶運輸、沿海省際客船運輸、省際客船運輸實行經營許可。
其他省際內河客運的經營許可，由水路客運經營者所在地的省級水路運輸管理部門實施。在作出許可決定前，應當與始發港、掛靠港和目的港所在地的省級水路運輸管理部門協商。協商不成的，報交通運輸部決定。
省際普通貨船運輸和省內水路運輸的經營許可由設區的市級以上地方人民政府水路運輸管理部門實施，具體權限由省級人民政府交通主管部門決定並向社會公布。