隨著京杭大運河的疏浚,沿江城市的內河運輸業也得到了發展。濟寧市是山東省最大的煤炭生產基地。2009年原煤產量達到8115萬噸,占全省煤炭總產量的56.4%,居全國第三位。濟寧出口的80%的煤炭和60%的建築用黃沙都是通過水路由濟寧港完成的。濟寧港作為全國28個主要內河樞紐港之壹,發揮了北煤南運的作用。
濟寧森達美港由馬來西亞森達美集團於2008年投資建設。目前有四個作業區,主要從事散貨、雜貨和集裝箱的裝卸和倉儲。是山東省最大的散貨、雜貨、集裝箱和液化產品港口。