醫院始建於1979年，於1990年3月8日啟用，1991年首季開幕。現在由醫院管理局所管理，隸屬於新界西醫院聯網，與聯網內的博愛醫院、青山醫院及小欖醫院壹起為香港屯門新市鎮及新界西北區的居民提供服務。因原屯門醫院行政總監盧誌遠醫生調任至九龍中醫院聯網總監，屯門醫院行政總監將於稍後進行公開招聘，現時的屯門醫院行政總監將由羅思偉醫生代理，為期六個月。
屯門醫院是香港最繁忙醫院之壹，緊急手術數量在2013年為全香港第壹 ，外科病床的使用率高達106.4%，相當於百份百，其原因為屯門醫院是屯門區內唯壹壹所公立醫院，而新界西亦無私家醫院，另外兩間位於屯門的公立醫院——青山醫院和小欖醫院均是精神病專科醫院，所以不能夠分擔屯門醫院的工作。而新界西聯網的博愛醫院則位於元朗區，而且只提供約400張病床，基本上只能夠滿足元朗區居民的需求。屯門居民如果不想跨網就醫，就只可以到屯門醫院。加上屯門醫院除服務屯門外，也要服務元朗和天水圍居民，所以使到屯門醫院服務負荷過重，而隨著天水圍醫院預計於2016年年中落成，將會紓緩屯門醫院的負荷。