工商、技術監督、環境保護、畜牧獸醫行政管理部門應當按照各自職責，做好水產種苗的監督管理工作。第五條在本省發現水產新種質資源的單位和個人，應當及時向當地漁業行政主管部門報告，不得隨意處置。漁業行政主管部門應當逐級上報，並采取保護措施。第六條縣級以上漁業行政主管部門應當開展水產種質資源普查，劃定水產種質資源保護區，制定水產種苗發展規劃，報同級人民政府批準後組織實施。第七條未經批準，任何單位和個人不得將可育的水生雜種個體和通過基因工程技術培育的水生新個體投放到自然水體和與其相連的水體中。
養殖可育水產雜交個體和轉基因水產新個體的，應當在養殖場區采取嚴格的防逃措施。第八條從國(境)外引進或者出口水產種苗(含苗種，下同)的單位和個人，必須經省漁業行政主管部門同意，並報國務院漁業行政主管部門批準。第九條人工培育繁殖的新品種(含良種，下同)和從國(境)外引進的品種的鑒定命名，必須經省水產種苗和良種專家審定委員會審定，由省漁業行政主管部門報國務院漁業行政主管部門審批。
未經批準，禁止生產、經營和推廣新品種。第十條新品種的登記和生產性能測定，由省漁業行政主管部門或其指定的單位負責。第十壹條良種場、良種場應當對從本省或者其他省、國(境)引進的水產原種和新品種進行保存、選育、提純復壯，並承擔繁殖用親本、遺傳物質和苗種的生產和供應；育種、繁殖、繁育生產用的種子場，應當從原種場或者良種場引進親本。引進的父母必須符合相關標準，並應定期更新。第十二條良種場和種子場分為省、市兩級。省級良種場、良種場由省級漁業行政主管部門確認；市級良種場和苗種場由市漁業行政主管部門確認，並報省漁業行政主管部門備案。
良種場、良種場的確認辦法由省漁業行政主管部門制定。第十三條良種場、采種場和種子場必須具備下列條件:
(壹)符合水產種苗繁育體系規劃布局的要求；
(二)具有壹定的水產種苗生產規模；
(三)具備相應的生產條件和環境條件(包括國家規定的動物防疫條件)；
(四)具有相應的水產品技術力量；
(五)有質量檢驗人員和必要的儀器設備；
(六)親本來源符合技術要求，質量符合相關標準，並有相應的資料和記錄。
生產親本或者用於育種的遺傳材料，需要向省級漁業行政主管部門申請生產許可證；生產養殖用苗種的，必須向縣級以上漁業行政主管部門申請生產許可證。取得生產許可證的，在取得營業執照後，方可進行生產經營。第十四條漁業行政主管部門對符合前條規定條件的，應當自受理申請之日起5日內頒發生產許可證。生產許可證有效期滿後，漁業行政主管部門應當重新審查、變更或者換發生產許可證。
生產許可證由省漁業行政主管部門統壹印制。第十五條生產水產種苗的單位和個人，必須遵守生產技術操作規範，建立生產技術檔案，詳細記錄原種和親本的引種時間、使用年限、繁殖和更新情況。第十六條原種場、良種場、種苗場供應水產種苗時，應當在技術條件允許的範圍內向使用者提供質量證明或者技術警示說明。第十七條從事水產種苗的單位和個人，必須從有生產許可證的單位購買水產種苗，並持有供應商出具的水產種苗質量合格證明或者技術警示說明。
禁止從疫區購買水產種苗。第十八條良種場、苗種場、苗種場生產的水產苗種質量應當由具有法定資質的檢驗機構進行檢驗。第十九條縣級以上漁業行政主管部門的水產種苗監督檢查人員，必須經省漁業行政主管部門培訓，持證上崗。
水產種苗監督檢查人員有權查閱生產技術檔案和其他有關資料，抽取水產種苗，向當事人調查和詢問水產種苗生產經營情況。