昌吉州轄2個縣級市、4個縣、1個自治縣:昌吉市、阜康市、瑪納斯、呼圖壁、吉木薩爾、奇臺、雷姆哈薩克族自治縣。還有新疆生產建設兵團24團。
昌吉州
昌吉回族自治州區域地圖
面積73660平方公裏，人口1，428，587。
昌吉市面積7981平方公裏，人口426253人。郵政編碼是831100。
阜康市面積8545平方公裏，人口165006。郵政編碼是831500。
呼圖壁縣面積9518平方公裏，人口210201。郵政編碼是831200。縣人民政府駐呼圖壁鎮。
瑪納斯縣面積9154平方公裏，人口237558人。郵政編碼是832200。瑪納斯鎮縣人民政府。
奇臺縣面積16709平方公裏，人口210566。郵政編碼是831800。縣人民政府駐奇臺鎮。
吉木薩爾縣面積8170平方公裏，人口1132.84萬。郵政編碼是831700。縣人民政府駐吉木薩爾鎮。
雷姆哈薩克族自治縣面積13582平方公裏，人口65719人。郵政編碼是831900。自治縣人民政府駐雷姆鎮。
*此處各分部的地理名稱截至2005年6月5日至2005年2月5日；面積數據基於《中華人民共和國行政區劃綱要(2006)》，人口數據基於第六次人口普查，人口截至2010年末。