“十二五”期間馬坊物流基地的戰略定位和發展思路是在“十壹五”規劃和馬坊物流基地發展現狀的基礎上形成的，是“十壹五”規劃和前期工作、項目的延續、深化、調整和創新。
目前，基地壹期1.3平方公裏的產業項目布局已基本完成。“十二五”期間，已完成二期用地指標調整，做好建設用地儲備，拓展發展空間，二期征地拆遷、市政基礎設施等壹級開發工作全面啟動。
(2)發展方向
馬坊物流基地是北京東部開發區重要的物資商品流通基地，是北京現代物流體系中的關鍵樞紐，是連接北京與天津港、京唐港等港口的重要內陸港，是京津發展走廊的重要通道和京津冀地區的重要物流節點，也是京津冀立體多式聯運體系的交匯點。
(3)發展方向
圍繞“京津商谷”建設，加快北京平谷物流基地和陸路口岸建設，完善馬坊物流基地商品交易展示、綜合物流等功能設施，提升發展水平。深化與天津港、唐山港合作，創新海關、檢驗檢疫等部門運作模式，加快建立港口和基地壹體化管理體系，促進貿易便利化。加快電子商務平臺建設，建設物聯網應用示範基地，全面提升信息化水平。拓展馬坊物流基地港口功能，完善保稅倉庫、配送加工等相關功能，構建服務京津冀地區的物流配送體系。
(4)開發流程
基於馬坊物流基地的上述戰略目標，馬坊物流基地必須經歷資源整合與功能完善、核心競爭力形成、成熟與提升三個階段。
圍繞馬坊物流基地建設的基本指導思想，馬坊物流基地的戰略流程及各階段的發展重點設計如下:
(1)資源整合和功能完善階段(2011年-2012年)
積極申請保稅物流中心(B型)，盡快完善和使用保稅物流中心(B型)的功能。在充分利用馬坊物流基地物流和進出口功能的基礎上，構建“商務平臺+物流基地+大配送”的公共模式；深入研究推進通關模式創新，積極探索研究建立“兩地壹檢”、“查驗互認”、“壹體化通關”等更加緊密的通關合作。
(2)核心競爭力的形成階段(2013-2015)
經過初期的資源整合和功能完善，馬坊物流基地拓展了保稅區的功能，打造了以港口功能和電子商務為基礎的“京津商谷”。加快金融(外匯、離岸金融)、法律服務、運輸服務等綜合服務支撐體系建設。將物流基地建設成為北京東北部連接機場和海港的主要流通基地和物流樞紐，高起點、高標準、高水平建設壹流的陸路口岸。
(3)成熟期和推廣期(2016-2020)
馬坊物流基地是北京社會化物流服務體系的重要組成部分。馬坊物流基地綜合物流服務能力的提升，將帶動整個北京現代物流業的發展，最終提升整個京津冀地區現代流通物流的綜合水平。
(5)發展目標
將馬坊物流基地建設成為北京東北部連接機場和海港的主要物流樞紐，高起點、高標準、高水平建設物流陸路口岸。