主要區別是，性質不同、研究方向不同、涉及學科不同，具體如下：
壹、性質不同
1、食品工程
食品工程是糧食、油料加工，食品制造和飲料制造等工程技術領域的總稱。
2、食品科學
食品科學可以定義為應用基礎科學及工程知識來研究食品的物理、化學及生化性質及食品加工原理的壹門科學。
二、研究方向不同
1、食品工程
食品工業生產中所用加工方法。
2、食品科學
食品健康。
三、涉及學科不同
1、食品工程
食品工程涉及到化學、物理、農學、生物化學、生物學、微生物學、化學工程、生化工程、機械工程、人體營養與食品衛生學、包裝材料和工程、環境治理與工程等多門科學。
2、食品科學
包括化學類（有機化學、生物化學、食品化學、分析化學等）、生物學、食品科學、食品工程、微生物學、化工和食品技術、肉制品加工、乳制品加工、蛋制品加工等。
百度百科-食品工程
參考資料?來源：百度百科-食品科學