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用戶將掃描儀連接到電腦，將電腦連接到互聯網後，打開企業軟件，選擇相應的掃描儀，進入系統。
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將待認證的扣款正確放置在掃描儀上，點擊專用發票網上認證或機動車/貨運票證網上認證，對相應的發票類型進行網上認證。
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進入網上認證頁面後，點擊單掃描或高速掃描按鈕，軟件會自動掃描發票圖像，識別發票電子數據。掃描識別發票電子數據後，請對照抵扣聯原件核對電子數據。識別不準確的，按原扣數通過鍵盤手動修改。
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單擊在線認證執行實時認證。如果返回的結果是“認證通過”，用戶可以在下壹步下載並打印通知。(如果返回結果為“認證失敗”，請仔細核對電子數據是否與扣款原件壹致。如果不壹致，可能是掃描識別錯誤或手工錄入錯誤。根據扣款原件更正電子數據後，再次傳輸認證。)
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點擊通知，選擇要下載通知的月份(默認為當月)，然後點擊“下載證書結果通知”按鈕。下載通知後，點擊“打印通知”按鈕，打印認證結果通知和認證結果列表。