1995建成國家級“愛嬰醫院”；從1996通過“二級綜合醫院”評估，從1999再上新臺階，通過“二級綜合醫院”評估。從1996到2004年，醫院開展了230多項新技術和新項目，其中“纖維支氣管鏡的臨床應用”和“纖維支氣管鏡的臨床應用”開展了三個科研項目:氧氣治療與呼吸衰竭的觀察、川西地區正常足月新生兒膽紅素動態觀察及其相關效應的研究、前列腺汽化治療。前兩項已結題，川西地區正常足月新生兒膽紅素動態觀察研究獲2003年成都市科技進步三等獎。在市級、省級和國家級刊物上發表學術論文300余篇。
2008年“5.12”地震後，重慶市政府投資2.3億元進行異地重建，同時香港政府投資12萬元建設殘疾人康復中心。新院秉承可持續發展的理念，外觀設計現代，功能布局合理，占地面積145.8畝，建築面積48000平方米，開放床位694張。
2011年7月4日，四川省醫學科學院和四川省人民醫院委托我院進行幫扶模式，使醫院在技術創新和文化建設方面取得了突出的進步，引領醫院走向了壹個新的平臺。