1、局辦公室
2、人事處
負責局機關及直屬單位的機構編制和幹部人事等工作；組織環境保護行政表彰；指導環境保護系統行政管理體制改革和規範化建設；負責環境保護系統幹部崗位培訓和繼續教育；負責局機關離退休幹部的管理工作；協助區（市、縣）管理環境保護行政主管部門領導幹部。
3、監察室
監督、檢查所在單位黨組及成員、局屬單位黨組織及其成員、行政領導和其他領導幹部 執行黨的路線、方針、政策和國家法律、法令、法規以及市委、市政府決定的情況；對局屬系統的紀檢監察工作進行指導；協助所在單位黨政領導班子抓好黨風廉政建設、糾正部門和 行業不正之風工作；會同有關部門對黨員、幹部進行黨風廉政建設教育；監督、檢查所在單位及局屬單位執行黨風廉政建設責任制的情況；督促、協助所在單位制定、完善本機關和局 屬單位預防和治理腐敗的措施；受理紀律檢查、行政監察對象的控告及申訴、調查處理紀律檢查、行政監察對象違反黨紀、政紀的案件；完成市紀委、市監察局和所在單位黨組、行政 領導交辦的其他事項。
4、開發建設環境管理處
擬定全市開發建設環境管理政策、法規和規章並監督實施；歸口管理開發建設項目環境影響評價和監督實施環境保護“三同時”制度，負責市管和省局授權管理的開發建設項目和技術改造項目環境影響報告書(表)、登記表的審查和“三同時”管理；組織實施市級經濟開發區、城市新區等區域性開發建設環境影響評價。
5、科技處
組織實施環境保護技術標準；負責國家及省環境標準的執行和監督管理工作；協助辦理環境管理體系；負責環境監測管理，組織編制環境質量報告書；組織協調環境保護科學研究和技術引進；組織環境保護重大科技攻關和技術示範工作；協助辦理環境標誌申報；協助實施環境保護資質認可工作；組織環境保護科研項目和成果申報；參與制定環境保護產業政策、發展規劃和環保產品技術標準；指導和推動環境保護產業發展；負責全市環境保護外事管理工作；負責環境保護外資引進和對外經濟技術合作項目的管理。
6、汙染控制處
擬定和監督實施全市大氣、水體、噪聲、放射性、電磁輻射、固體廢物和有毒化學品汙染防治法規和規章；組織實施排汙申報登記、排汙許可證、汙染源限期治理、達標排放等環境管理制度。參與危險廢物經營許可、有毒化學品進出口登記和審批以及行政代執行等環境管理制度；組織實施環境保護目標責任制；負責城市環境綜合整治定量考核工作；組織編制環境功能區劃；組織實施汙染物排放總量控制計劃；組織擬定和監督實施全市重點流域、重點區域汙染防治規劃；負責鄉鎮企業環境管理；參與汙染事故的調查處理；參與工業汙染項目環保設施驗收；負責全市清潔生產項目審批及清潔生產推廣工作；組織實施機動車汙染防治工作；辦理可用作原料的廢物進出口許可工作；負責輻射環境和放射性廢物管理；承辦市環境保護“壹控雙達標”工作領導小組安排的有關工作。
7、政策法規處
組織擬定全市環境保護政策、法規和規章；負責環境保護專項法規、規章和規範性文件的協調、審查與報批工作；負責環境保護行政處罰、行政復議和應訴工作；組織環境保護執法檢查；負責環境保護行政執法監督和議案、提案的辦理工作；審查辦理和管理全市環境保護執法證件。
8、自然生態保護處
組織實施自然生態保護法規、規章和規劃；監督管理自然保護區，提出市級以上新建自然保護區審批建議；監督檢查各種類型自然保護區以及風景名勝區、森林公園環境保護工作；參與檢查生物多樣性保護、野生動植物保護、珍稀瀕危物種保護；參與監督自然資源開發活動中的環境保護，組織調查處理生態破壞事故；參與以自然生態環境影響為主的建設項目審批及環保設施驗收工作；參與指導和監督礦區復墾、生態破壞恢復整治、石漠化防治工作；負責農村生態環境保護；指導全市生態示範區建設和生態農業建設；參與自然保護區評審工作。
9、綜合計劃處
組織編制全市環境保護規劃和計劃，負責環保專項規劃的協調、審查與報批工作；審核城市總體規劃中的環境保護內容；擬定全市汙染物排放總量控制計劃和跨世紀綠色工程規劃並組織實施；負責環境統計、環境信息和環境狀況公報。