鄉(鎮)人民政府應當按照上級人民政府及其水行政主管部門的要求，做好本地區水利工程的建設、管理、節約用水和水生態保護工作。第五條縣級以上地方人民政府水行政主管部門負責本行政區域內水利工程的管理、監督和指導，其所屬的農田水利機構負責具體工作。
依法設立的水利工程管理單位具體承擔所轄水利工程的日常管理工作。第六條縣級以上地方人民政府發展改革、公安、財政、國土資源、環境保護、住房和城鄉建設、交通運輸、農業、林業、文化、審計、安全監管、扶貧搬遷、檔案等部門應當按照各自職責，做好水利工程的管理、監督和保護工作。第七條鼓勵多渠道投資水利工程，采用政府和社會資本合作模式開展水利工程建設、管理、水源保護和水生態保護。
縣級人民政府水行政主管部門應當依據有關法律法規，明確農村集體經濟組織、用水合作組織和個人對小型水利工程的相關所有權和管理責任。第八條鼓勵和支持在水利工程中采用先進技術和措施，實行標準化、信息化和現代化管理。第九條任何單位和個人都有保護水利工程的義務，並有權制止和舉報侵占、損壞水利工程的行為。第十條對在水利工程建設、管理、保護、節約用水、水生態文明建設和推進水利科技進步等方面做出顯著成績的單位和個人，按照國家和省的有關規定給予表彰和獎勵。第二章管理體制第十壹條跨市(州)受益或者淹沒的水利工程由省人民政府水行政主管部門管理，其中中小型水利工程經省人民政府批準，可以由主要受益的市(州)、縣(市、區)人民政府水行政主管部門管理。
在同壹市(州)行政區域內，跨縣(市、區)受益或者淹沒的水利工程，由市(州)人民政府水行政主管部門管理，經市(州)人民政府批準，也可以由主要受益的縣(市、區)人民政府水行政主管部門管理。
縣(市、區)內受益或者淹沒的水利工程，由縣(市、區)人民政府水行政主管部門管理，其中小型水利工程可以由縣(市、區)人民政府水行政主管部門確定的農村集體經濟組織、用水合作組織和個人管理。
大型水庫工程由市(州)以上地方人民政府水行政主管部門管理。第十二條市(州)、縣(市、區)人民政府水行政主管部門應當保護本行政區域內的各類水利工程，維護水利工程運行秩序，保護水生態安全，防治水汙染，依法查處各類損害水利工程的違法行為。第十三條水利工程應當根據工程規模和投資方式，采取設立管理單位、購買服務、確定專人等方式進行管理。具體管理辦法由縣級以上地方人民政府水行政主管部門會同有關部門按照國家有關規定提出，報同級人民政府批準。第十四條水利工程管理單位屬於公益性事業單位，其經費保障方式按照有關政策規定執行。縣級以上地方人民政府應當建立機制，合理承擔水利工程運行維護費用。
公益性水利工程運行、管理、維護、水毀修復、續建配套、更新改造所需資金，按照水利工程隸屬關系納入同級財政預算，受益的市(州)、縣(市、區)人民政府根據受益程度承擔相應資金，列入同級財政預算。
對有經營收入的水利工程，水利工程管理單位應當按照國家有關規定，在其經營收入中計提工程大修、折舊和維護管理費，專款專用。運營收入不能滿足工程運行維護、維修支出的，按照水利工程隸屬關系，由同級人民政府和受益地區人民政府給予補助。
資金管理的具體辦法由縣級以上地方人民政府制定。
其他水利工程的維護和更新改造資金主要由工程所有者和經營者承擔。