(二)制定技術規範並監督實施；研究提出衛生資源配置的指導性標準，監督局機關直屬衛生服務機構國有資產協調衛生經濟發展；制定相關規範性文件；指導和推進全市衛生信息化建設。
(三)組織制定公立醫院改革的政策措施，指導和監督公立醫院建立科學的管理體制、運行機制和監督機制，組織制定社會資本參與醫療衛生事業發展的政策措施，指導和監督民營醫療機構健康規範發展。
(四)負責醫療機構醫療質量和服務的監督管理，組織實施采供血機構醫療服務、技術、醫療質量和管理的政策、規範和標準；負責衛生行政審批，實施醫療機構和執業人員許可制度；組織實施醫療衛生職業道德，建立醫療機構醫療服務評價和監管制度。
(五)制定並組織實施全市醫學科技、教育發展規劃和年度計劃；組織實施醫療衛生科學研究，指導和推動醫學科技成果的轉化和推廣應用；組織繼續醫學教育、全科醫學教育和畢業後醫學教育。
(六)指導、監督和管理全市社區衛生服務、農村衛生服務、婦幼保健，推進基層衛生服務體系建設；實施婦幼保健專項技術服務；負責計劃生育技術服務和生殖健康服務。
(七)依法管理全市中醫藥工作，貫徹中西醫並重的方針和國家中醫藥法律法規，落實發展中醫藥的方針；擬訂並組織實施中醫藥、民族醫藥和中西醫結合發展戰略和規劃；指導全市各級各類醫療機構開展中醫藥和中西醫結合業務建設。
(八)實施國家基本藥物制度和藥品集中采購及日常監管，組織實施全市醫療衛生機構醫用耗材集中采購；負責醫療衛生機構內藥品和醫療器械的管理。
(九)組織、實施和協調基本公共衛生服務均等化，指導基本和重大公共衛生服務制度的實施。
(十)貫徹預防為主的方針，開展全民健康教育；制定和實施重大疾病預防控制規劃和策略，負責疾病預防控制，組織和指導全市急慢性傳染病、地方病、職業病的預防控制，協調有關部門實施重大疾病的預防控制和幹預；落實國家免疫規劃和政策措施。
(十壹)負責衛生應急工作，組織制定衛生應急預案和政策措施，負責突發公共衛生事件的監測、預警和風險評估，組織調度全市衛生技術力量，指導實施重大災害、疫情等突發公共衛生事件的應急處理和醫療救助。
(十二)履行衛生行政監督職責，依法對傳染病防治、醫療衛生、職業衛生、公共衛生、飲用水衛生、愛國衛生等進行監督執法。
(十三)負責食品安全綜合協調，組織調查重大食品安全事故；承擔市食品安全委員會辦公室的日常工作。
(十四)指導實施衛生人才隊伍建設，制定全市衛生人才發展規劃；組織實施衛生機構設置標準。
(十五)組織實施衛生國際交流與合作、對外援助和國內援助等相關工作，開展與港澳臺地區的衛生交流與合作。
(十六)負責中央、省領導和重要外賓在溫州的醫療保健工作；負責管理市衛生委員會確定的保健對象的醫療保健工作；負責國際、國家、省、市重要會議和活動的醫療衛生保障。
(十七)承擔愛國衛生運動委員會、市衛生委員會和獻血領導小組辦公室的日常工作。
(十八)參與全市城鎮職工基本醫療保險制度的改革和管理，做好相關政策和標準的制定以及醫療費用的結算工作；會同有關部門對醫療衛生服務指導價的實施進行監督管理。
(十九)負責市級衛生機構的管理。
(二十)承辦市政府交辦的其他工作。