機構職能:綜合協調政務，負責各類文件的運行管理；負責局機關會議的組織安排和重要事項的督辦；負責局機關的文秘、信訪、保密、檔案、綜合管理和行政事務；負責教育系統宣傳和網絡信息工作；負責對外聯絡、接待和後勤工作；指導和管理信息中心；協調和指導全市教育法制工作；辦理教育行政執法的相關工作。
組織人事部
機構職能:負責院、所、局的機構編制、勞動工資、人事工作；指導教育系統黨建工作；指導全市學校教師和教育行政幹部隊伍建設；負責師資調配和師範院校畢業生就業工作；負責教師職稱評定和教師招聘的組織工作；管理和指導教師繼續教育。
監督辦公室
機構職能:承擔市政府教育督導室的具體工作，協調和指導全市教育督導工作；負責對下級教育行政部門和學校的監督、檢查、評估和指導；負責普及九年義務教育和掃除青壯年文盲。
職業教育和成人教育司(語言應用管理司)
機構職能:統籌管理全市中等職業技術教育、成人教育、漁業和農民素質提高、中青年掃盲工作；負責協調管理全市中等職業技術教育學校的德育、體育、藝術、國防、環保、科技和學生資助工作；會同有關部門，做好中等職業學校畢業生技術等級評定和就業指導服務工作；配合幹部、工人、漁民的文化、技術和崗位培訓；會同普通高中教育部門做好中等職業學校招生、學籍管理和畢業證書驗印工作。承擔市語言文字工作委員會的具體工作；引導推廣普通話和規範用字。
普通高中教育系
機構職能:統籌管理普通高中教育；聯系和協調全市高等教育；指導全市學校的團學工作；負責協調管理全市高等教育、德育、體育、藝術、國防、環保、科技和學生資助工作；指導和負責全市高級中學學籍管理工作；負責全市高中階段學校招生和畢業證書核驗工作。
義務教育部門
機構職能:統籌管理全市義務教育和學前教育；指導全市義務教育學校少先隊工作；負責協調管理全市義務教育、學前教育和特殊教育學校的德育、體育、藝術、國防、環保、科技和學生資助工作；牽頭協調全市各級各類學校的德育工作；指導和促進殘疾兒童的特殊教育；指導全市義務教育學校、幼兒園和特殊學校的管理工作；負責新城學前教育和義務教育管理工作。
綜合管理辦公室(黨委、人武部)
機構職能:負責協調組織全市重大體育、藝術、科技活動；牽頭協調全市各級各類學校的體育、藝術、國防、環保、科技教育；負責全市各級各類學校的安全衛生工作；負責外事工作；負責市屬學校的校園輔警、學生軍訓和民兵工作；具體負責直屬黨組織的管理工作。
規劃和財務辦公室
機構職能:編制全市教育發展的長遠和年度計劃，提出教育經費年度財政預算建議；負責學校布局調整和各類教育機構設立、撤銷、更名的審核；負責民辦教育機構的年檢；指導全市教育基金的籌集和管理；指導和管理各類學校的財務、統計和總務工作；負責舟山市學生資助管理中心的工作；管理局的財務工作；指導和管理全市校舍危房改造和全市校舍基本建設；指導和管理結算中心。
舟山市監察局派出機構:監察室。
舟山市教育工會