根據上述職責，市人力資源和社會保障局設14個內設機構：
（壹）辦公室
承辦黨務和政務活動事宜；負責局機關文電處理、秘書事務、會議組織、機要檔案、安全保密、財務車輛、政務公開、新聞宣傳和接待聯絡工作；擬定局機關工作制度，並組織實施和監督檢查；承擔局機關和所屬單位機構編制、幹部人事、離退休人員管理和職工教育培訓工作；負責提案建議的督促辦理，承擔機關各項工作的督辦落實。
（二）審計監督科
擬訂全市人力資源和社會保障事業發展規劃和年度計劃；審核社會保險基金預決算；負責編制全市人力資源和社會保障事業信息化建設規劃和項目管理規劃，負責人力資源和社會保障項目開發、策劃、建設和項目資金的爭取工作；參與擬訂全市社保基金、就業資金管理辦法；負責執行社會保險基金管理政策、稽核規則，監督各項社會保險基金的管理運行；組織開展社會保險基金內部審計和就業再就業等專項資金使用情況的監督檢查；承擔社會保障統計和信息工作，發布統計公報、信息資料及發展預測報告；承擔人力資源和社會保障信息化建設工作；負責人力資源和社會保障目標責任考核工作。
（三）就業促進科
擬定全市就業、職業技能培訓和職業技能鑒定政策、規劃並組織實施；承擔就業再就業政策宣傳及扶持政策的貫徹落實，指導開展就業援助、特殊群體幫扶；負責就業再就業資金的分配、使用和管理；負責市直公益性崗位的開發與管理、靈活就業人員社會保險補貼的審核發放；承擔就業再就業數據統計、匯總及分析工作；指導培訓機構開展城鄉勞動力職業技能培訓工作；負責民辦職業培訓機構、職業技能鑒定機構資格認定、審核審批及業務指導和綜合管理；負責全市職業技能鑒定考評人員的培訓、管理和使用；負責全市職業資格證書管理、審核及發放；擬訂全市農民工工作政策和發展規劃，協調處理涉及農民工的重大事件；綜合管理全市勞務培訓輸轉工作，負責勞務培訓輸轉政策制定、協調指導和督促檢查。
（四）公務員管理科（市軍隊轉業幹部安置辦公室）
負責全市公務員職位分類、考試錄用、考核獎懲、申訴控告、職務任免、非領導職務設置、辭職辭退等實施意見的擬定及管理工作；負責市政府機關、參照公務員法管理事業單位幹部的調配工作；落實公務員管理制度，指導協調縣市區、市直部門實施國家公務員法；協調指導、組織實施、綜合管理政府系統公務員集體和個人表彰、獎勵工作；負責全市機關公務員及參照公務員法管理事業單位工作人員的統計與綜合分析工作；負責市政府機關（參照）、事業單位幹部、工人檔案管理工作；負責全市軍隊轉業幹部的接收安置工作，組織實施全市軍隊轉業幹部上崗培訓，監督檢查有關政策的落實；承辦省軍隊轉業幹部安置工作小組交辦事項；配合安置轉業幹部隨調家屬；負責全市自主擇業軍轉幹部的就業指導推薦、退役金發放及日常管理服務工作；負責市直企業軍轉幹部解困維穩政策落實工作。
（五）事業單位人事管理科
綜合管理全市專業技術人員隊伍，對全市專業技術人員隊伍建設進行宏觀指導；擬定全市人才資源開發和培養規劃；擬定加強專業技術人員隊伍建設的政策、措施和辦法並組織實施；擬定市級人才工程實施方案並組織實施；負責國家有突出貢獻的中青年專家、享受政府特殊津貼專家和省級優秀專家、省級人才工程人選及市級人才工程人選的選拔、推薦、培養和管理服務工作；負責全市專業技術人員統計和綜合分析，承擔人才信息的收集和綜合利用工作；負責全市事業單位人事制度改革和人事管理工作；擬訂全市事業單位人員和工勤人員管理政策；按照管理權限，承辦全市事業單位崗位設置方案的核準或備案事宜；擬訂全市事業單位人員公開招聘、考核獎懲制度；擬訂全市事業單位人員調配政策，承辦市直事業單位特殊需要人員的調配工作；負責市級事業單位公開招聘工作；辦理市直事業單位工作人員辭職、辭退審批手續；牽頭擬訂全市非師範類大中專畢業生就業與創業政策，負責非師範類大中專畢業生離校後就業指導和服務工作，組織實施國家、省、市普通高校畢業生就業計劃或就業項目，申請預算並管理高校畢業生服務經費。
（六）社會保險科（市勞動能力鑒定委員會辦公室）
擬定全市基本養老保險、失業保險基本政策和發展規劃並組織實施；負責確定市級基本養老保險、失業保險統籌基金調劑計劃；落實企業職工退休政策，負責中央、省屬駐酒、市屬參保單位職工退休和全市參保單位職工提前退休的審批；負責企業離退休人員養老保險待遇調整審批、死亡職工遺屬待遇和非因工傷殘職工待遇政策的落實；擬定補充保險承辦機構的資格認定標準，認定有關機構承辦補充養老保險業務的資格並對其承辦的補充保險基金實施監督；貫徹執行農村社會保險政策，擬定全市農村養老保險、村幹部養老保險和被征地農民社會保障基本政策和發展規劃並組織實施；承擔農村養老保險工作職責；擬定農村養老保險、村幹部養老保險和被征地農民社會保障費用籌集辦法、待遇項目、給付條件和給付標準；擬定農村養老保險、村幹部養老保險和被征地農民社會保障基金管理制度和經辦機構的管理規則；擬定農村養老保險、村幹部養老保險和被征地農民社會化管理服務的規劃和政策並組織實施；落實企業職工失業保險政策，審批失業人員職業培訓和職業介紹補助經費，落實失業人員疾病、生育、死亡有關待遇；建立和完善失業調控、失業監測、失業預警及應急政策並組織實施；擬定經濟結構調整中涉及職工安置權益保障政策並監督實施；組織開展職工勞動能力等級鑒定。
（七）醫療保險科
擬定全市城鎮基本醫療、工傷、生育保險基本政策和發展規劃並組織實施；制定國家機關、企事業單位補充醫療保險政策和大病醫療保險、慢性病門診醫療費補助政策；擬定全市基本醫療、工傷、生育保險費率、征繳辦法、待遇項目、給付標準和基金調劑計劃並監督實施；擬定全市基本醫療、工傷、生育保險藥品目錄、診療項目和醫療服務設施範圍及支付標準，擬定定點醫療機構、輔助器具配置機構和零售藥店的管理辦法及費用結算辦法，審批確定市級定點醫療機構、輔助器具配置機構和零售藥店；審核確定市直單位享受公務員醫療補助範圍和慢性病門診醫療費補助對象；承辦機關事業單位和企業職工工傷認定工作；協助配合職工勞動能力鑒定工作，負責工傷職工和因公死亡職工供養親屬的待遇審批和待遇調整。
（八）工資福利與離退休人員管理科
綜合管理全市機關事業單位工資福利工作，指導全市機關事業單位工資制度改革，監督檢查工資福利政策的落實情況；擬定全市機關事業單位人員工資增長計劃和宏觀調控措施並組織實施；負責全市機關事業單位工資改革和工資標準調整；承辦市直機關事業單位各類人員工資晉升、調整、確定的審核審批；負責市直機關事業單位人員各類津貼、補貼、獎金的審批；負責新分配、錄用、招收人員初期工資的確定及轉正定級的審批，辦理各類人員調動後的工資轉移手續；負責市直機關事業單位人員工資檔案及工資軟件信息庫的建立、記載、更新、保管和各類工資年報的統計填報工作；負責部分職工參加工作時間和連續工齡的審核落實；負責全市機關事業單位工勤人員的管理工作，辦理市直機關事業單位工人的聘用及退休、退職、辭職手續；負責全市機關事業單位工人技術等級的培訓、考核評定；辦理機關事業單位工人技師的推薦、選撥、聘任手續；編制下達全市年度職工人數和工資總額計劃，建立工資基金管理臺帳，審批管理工資基金；分解下達全市復退軍人安置計劃，協調有關部門辦理市直機關事業單位接收復退軍人的聘用手續；負責市直機關事業單位工資統壹發放的審核；負責體制變動、隸屬關系變動後人員工資的接交、編制內經費供給渠道變化的審核；負責離退休幹部管理工作，辦理有關退休人員手續，落實離退休（遺屬）人員的各種工資福利和生活待遇；負責職工去世後喪葬費、撫恤金和遺屬生活困難補助費的審批及調整；承擔機關事業單位工資制度改革辦公室的日常工作。
（九）專業技術人員職稱科
綜合管理全市專業技術人員職稱改革工作；建立和完善專業技術職務聘任制度，擬定全市專業技術職務管理的措施和辦法；負責全市各類專業技術職務任職資格評審委員會的綜合管理，統籌協調確定各類專業技術人員資格認定標準；綜合管理全市專業技術崗位設置，負責全市專業技術職務崗位結構比例控制，審批市直事業單位專業技術崗位設置方案及專業技術職務的聘任；推行專業技術執業資格制度，完善專業技術資格考試制度，統壹組織、管理、實施全市職稱考試工作；指導管理非公有制經濟組織和農村實用人才職稱評定工作；負責全市各類專業技術職務任職資格證書、執業資格證書的審核工作；承擔市職稱改革領導小組辦公室的日常工作。
（十）引智項目管理科
綜合管理全市引進國（境）外人才和智力工作。擬定全市引進國（境）外人才和智力工作的措施辦法並組織實施；根據全市經濟社會發展需求，組織申報實施全市引進國（境）外人才和智力項目；擬定吸引國（境）外專家、留學人員來酒泉工作或定居政策；配合有關部門做好聘請外國專家單位的資格認定工作和外國專家及境外人員來酒泉工作認證許可事宜；管理來酒泉工作的外國專家；承辦政府對外國專家的獎勵事宜；負責引進國外智力專項經費的管理使用；歸口管理全市出國（境）培訓工作；承擔全市引智成果的應用和推廣工作；承擔酒泉市外國專家局的日常工作。
（十壹）培訓教育科
負責全市機關公務員教育培訓綜合管理與指導，擬定公務員階段性培訓規劃和年度計劃並組織實施；組織開展全市機關縣（處）級及以下公務員在職培訓、新錄用公務員初任培訓和專門業務培訓，選拔推薦符合條件的公務員參加省內外組織的各類培訓學習；負責全市專業技術人員繼續教育綜合管理與指導，擬定專業技術人員階段性培訓規劃和年度計劃並組織實施；負責市屬繼續教育培訓基地資格認證、年檢、監管與業務指導，建立和完善繼續教育網絡；負責審定行業部門和縣市區繼續教育培訓規劃、年度計劃、教學大綱和培訓內容，培訓繼續教育師資和管理人員；負責專業技術人員繼續教育證書管理工作；負責繼續教育統計工作；承擔軍隊轉業幹部適應性培訓和個性化培訓工作。
（十二）勞動保障監察科（市勞動保障監察大隊）
擬定地方性勞動保障監察規範性文件；依法監督檢查用人單位遵守人力資源和社會保障法律法規情況，受理各類違反人力資源和社會保障法律法規行為的舉報投訴，依法糾正和查處違反人力資源和社會保障法律法規的行為；指導全市人力資源和社會保障監察工作，協調跨區域勞動者維權工作，組織處理有關突發事件；負責全市勞動保障執法監察工作，參與處理人力資源和社會保障行政復議和行政應訴案件；負責全市勞動保障監察員的培訓管理工作；擬訂全市勞動關系、勞動合同、集體合同制度的實施規範並組織實施；擬定全市企業職工工資收入分配的宏觀調控政策，指導和監督國有企業工資總額管理和企業負責人工資收入分配；監督企業執行國家企業職工工作時間、休息休假制度，貫徹落實消除非法使用童工政策和使用女工、未成年工的特殊勞動保護政策；貫徹落實最低工資保障制度，推行企業工資集體協商制度並實施監督檢查；承辦勞動保障監察“兩網化”管理、農民工工資保證金收支、企業誠信等級評定和企業勞動保障資料年審工作；負責勞動保障監察各類統計報表上報；牽頭負責安全生產、計劃生育目標責任書任務的落實；承辦授權或委托辦理的其它勞動保障監察工作。
（十三）調解仲裁管理科（市勞動人事爭議調解仲裁委員會辦公室）
擬訂勞動、人事爭議調解仲裁制度的實施規範，指導全市勞動、人事爭議預防及調解仲裁工作；承擔勞動、人事爭議仲裁員管理工作，按照管轄權限依法組織處理勞動爭議、人事爭議案件；負責人力資源和社會保障信訪、維穩、綜治工作；負責群眾來信來訪處理，參與對集體上訪等突發事件的處理及信息收集、匯總和上報；負責全市勞動人事爭議仲裁統計報表的匯總和上報工作；承擔機關規範性文件的合法性審核；牽頭負責依法行政、信訪維穩、綜合治理目標責任書任務的落實。
（十四）市勞動人事爭議仲裁院
為財政全額撥款科級事業單位，主要職責是：負責貫徹執行國家、省、市勞動人事爭議調解仲裁法律、法規、規章和政策；負責勞動人事爭議調解仲裁法律、法規、政策的宣傳、教育及培訓工作；負責處理市勞動爭議仲裁委員會管轄的用人單位與勞動者之間發生的勞動人事爭議案件；負責對重大勞動人事爭議案件的評審和重大疑難案件的會審工作；承辦市勞動人事爭議仲裁委員會授權或交辦的其他工作。