妻子:秦小梅，前中國駐聯合國代表參贊，外交部駐香港國際組織司副司長。
嶽父是著名外交家秦麗珍，的秘書，前中華人民共和國外交部領事司司長。
李肇星和他的妻子有壹個兒子。為了讓他知道自己是莊稼人的後代，熱愛故土。呵呵從北京四中畢業後考上清華大學，後來留學美國。2001年，呵呵以第壹名的成績大學畢業，通過網絡找到了工作。2004年，呵呵被哈佛大學工商管理學院錄取。李肇星是壹個開放的好父親，非常尊重兒子的意願。他告訴呵呵:在這個世界上，除了自己，妳不能依靠任何人。