學校創建於1956，由上海第壹醫學院(現復旦大學上海醫學院)遷至重慶，前身為重慶醫學院，1985更名為重慶醫科大學。學校是國務院學位委員會批準的首批具有博士、碩士學位授予權的單位，教育部批準的首批來華留學示範基地。
2015年，學校成為重慶市人民政府、國家衛生計生委(原國家衛生計生委)、教育部批準設立的高校，2016年成為首批設立“高等學校學術創新引智計劃”(“11計劃”)項目的地方高校之壹。
學校由渝中區袁家崗校區和重慶大學城縉雲校區組成，校園總面積2650畝，其中縉雲校區占地2100畝。校園環境優美，風景如畫。
學校大力實施人才強校戰略，從海外招聘高層次人才，引進壹批國際級人才團隊，加強對本土人才的引導和培養，逐步構建“遠道而來”的良好人才生態，形成內涵式發展的強大動力。
現有專任教師3200多人，其中高級職稱專業技術人員2000多人，博士生導師400多人，碩士生導師2100多人。目前擁有中國工程院院士(外聘)、海外高層次人才、長江、傑青等國家級人才58人，省部級人才586人。