1第壹臨床醫學院
福建醫科大學第壹附屬醫院(第壹臨床醫學院)1986授予碩士學位，1990授予博士學位，2001授予臨床醫學博士後科研流動站，2018授予國家博士後科研流動站。博士生導師51人，碩士生導師206人。
其神經外科、呼吸與危重癥醫學、內科危重癥醫學、外科危重癥醫學、普通外科等5個專業被批準為國家級專科醫師規範化培訓基地。
第二臨床醫學院
福建醫科大學第二附屬醫院(第二臨床醫學院)創建於1881，原名“惠始醫院”，是壹所英國教會醫院。1973更名為福建醫科大學附屬第二醫院。博士生導師16，碩士生導師104。
住院醫師國家規範化培訓基地14個，包括內科、兒科、急診科、神經內科、外科、外科-神經外科、婦產科、耳鼻喉科、眼科、放射科、超聲醫學科、麻醉科、全科醫學和危重醫學，呼吸和危重疾病國家專科培訓基地1個。醫院附屬於福建省呼吸內科中心，免疫與過敏、皮膚科、超聲診斷、腫瘤學(中西醫結合)等專科被列為省級臨床重點專科。