001過山車謀殺案(杜松子酒，伏特加，工藤新壹少喝藥。幕布打開)
002綁架董事長女兒(阿笠博士知道身份)
043江戶川柯南誘拐(父母知道變小了)
048~049謀殺外交官(服部平次出道，第壹部復原)
054電子遊戲公司謀殺案(龍舌蘭酒出現並被殺)
057~058福爾摩斯迷謀殺案(平治知道他的身份)
128 10億被黑暗集團搶劫(宮野明美死亡，黑暗集團浮出水面)
129來自黑暗組織的女子大學教授謀殺案(海原艾出現)
176告別黑暗組織(灰色原創)(派斯克出場)
177告別黑暗組織(柯南)
178與黑暗組織告別(解)(皮耶斯克被杜松子酒沈默，貝爾摩出現)
226格鬥遊戲的陷阱(上)(朱迪出現)
227格鬥遊戲的陷阱(下)
230神秘兮兮的乘客(上)(赤井秀壹出現了，情況很復雜)
231神秘乘客(下)
242元簡直是災難(提到琴酒是左撇子)
258個來自芝加哥的男人(第壹部分)(詹姆斯出現)
259個來自芝加哥的男人(下)
269犯罪遺跡(上)(毛利小五郎檔案被盜，目標是柯南)
270犯罪的遺跡(第二集)
271的倉促隱瞞的疏忽(上)(灰平原疑似，情況危急)
272匆忙掩蓋疏忽(第二集)
277英語老師VS西方著名偵探(上)
278英語老師VS西方著名偵探(下)
279迷宮的黑暗(上)
迷宮的黑暗(第二部分)(克裏斯被發現是已故美國明星莎倫·賓亞德的女兒。)
286工藤新壹紐約事件(事件)
287工藤新壹紐約事件(推理)
288工藤新壹紐約事件(解)(貝爾摩以兇手身份出現，布蘭奇跟蹤)
307無聲的證據(上)(再次抓住黑暗組織的尾巴)
308無聲的證據(下)(下集介紹)
309與黑暗組織的聯系(談判)
310接觸黑暗組織(後續)
311接觸黑暗組織(致命章節)(柯南得知該組織正在雇傭電腦工程師編寫壹個神秘的系統軟件)
金錢買不到的友誼(第壹集)
金錢買不到的友誼(下)(在這壹集裏，我提到了阿沙拉的父親:宮野厚司。這是阿笠博士的壹個老熟人。)
東京電影制片廠的秘密(第壹部)(Ashhara被跟蹤，意想不到的事情來了)
336東京現在工作室的秘密(第壹部)
338四保時捷(第壹部分)
339四保時捷(第二部分)
340藏在廁所裏的秘密(第壹部分)
341藏在廁所裏的秘密(下)
343便利店的陷阱(第壹部分)
344便利店的陷阱(下)(小蘭在朱迪老師公寓的墻後面找到了照片)
與黑組織面對面！月圓之夜的雙星神秘事件(朱迪、赤井、詹姆斯身份曝光。卡爾瓦多斯省出場，被阿凱打斷後自殺，第壹次交鋒告壹段落)
346尋找P股上的印記(上)
347尋找P股上的印記(下)
361迪丹高中的鬧鬼學校(第壹部)
362迪丹高中鬧鬼學校(下)(真新博士回歸)
斯特拉迪瓦裏小提琴的不協和音(前奏曲)
386斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧(間奏)
387斯特拉迪瓦裏小提琴的不協和音(尾音)(老板手機號找到了，奮鬥的新潮流)
425被組織魔爪觸碰的瞬間(水無憐奈、基安蒂酒、科恩出現，硝煙再起)
429回不去以前的兩個人(第壹部)(影遊出現在這個大廳裏)
430回不去從前的兩個人(下)
462黑暗組織的影子，壹個年輕的見證者(本堂的應友行為怪異，引起了柯南的註意)
黑暗組織的陰影，奇妙的照明
464黑暗組織神秘陰影重賞。
黑暗組織的陰影，珍珠的流星
484黑人照片的下落(第壹部分)
485黑人照片的下落(第二部分)
491紅黑的碰撞開始了(最精彩的系列，壹定要看)。
492紅與黑的碰撞血緣關系
493紅與黑的碰撞絕對稱得上。
494紅色和黑色的碰撞
495紅色和黑色之間的碰撞昏睡
496紅黑碰撞入侵
497紅與黑的碰撞覺醒
498紅色和黑色的碰撞令人不安。
499紅黑碰撞迷彩
500紅與黑碰撞的遺言
501紅黑之間疑似碰撞
502紅色和黑色的碰撞是白色的
503紅色和黑色的沖突
504紅黑相撞而死(第二場決鬥，赤井秀壹疑似犧牲，水無憐奈身份疑似)。
509紅白黃偵探組(水無憐奈發信息，組織開除壹個代號波旁的偵探。沖矢昴出現了，新壹輪的對抗即將開始)
510柯南VS W暗號之謎
511推理對抗！新沂VS沖矢昴
542讓魚消失的墻角石(上)
543使魚消失的墻角石(下)(沖矢昴的話幾乎觸及灰色的平原)
值得壹提的是，004不同於漫畫版。漫畫版的兩個人是杜松子酒和伏特加。柯南無意中聽到了他們的對話，得知了他們的代號。不過動畫版改成了長相相似的兩個人。後來在動畫版054中，柯南不知怎麽就知道了杜松子酒和伏特加的代號。這成了柯南動畫故事的漏洞，卻無法彌補。而且在漫畫《為家庭而奇怪的殺人》中，宮野明美被杜松子酒殺死，動畫版改成了被警察逮捕。
《天堂倒計時》第五劇場版中，也出現了杜松子酒和伏特加。他們殺死了背叛組織的計算機工程師原佳明，並試圖殺死雪莉，但沒有成功。
杜松子酒、貝爾摩和伏特加再次出現在《黑暗追蹤者》的第十三個劇場版中。據劇透，另壹名現身的組織成員代號為愛爾蘭。
內容介紹(按時間順序，而不是劇集順序)
莎倫和工藤有希子作為女明星，從魔術師黑羽盜壹(海東黑場的父親，第壹個小偷)那裏學到了變臉技術，他們相遇了。
莎倫的真實身份是黑人組織的殺手，她殺死了壹直在調查該組織的美國聯邦調查局特工，也就是朱迪的父親，並放火焚燒了朱迪的家，毀屍滅跡。只有年輕的朱迪幸免於死，並受到她父親的同事們在“證人保護計劃”下的保護
莎倫告訴小朱迪，“秘密使女人成為女人”(秘密可以使人變得有女人味)讓她印象深刻。
*心怡和蘭去紐約玩，招待她們看白龍會的歌劇《金蘋果》。他們在劇院門口相遇並認識了沙龍，但沙龍在歌劇開始前借口有事先走了。歌劇中有壹場謀殺。新壹幫忙破案後，廣子留下聲明，讓他們先打車回酒店。途中，兩人下車找到莎朗送給蘭的手帕。蘭先是遇到了追趕銀發殺手的，又在廢棄的倉庫裏遇到了受傷在逃的銀發殺手。滿頭銀發的兇手在試圖殺死他們時，因欄桿斷裂而從高處墜落，被何藍心怡所救。事後發現銀發兇手已自殺，但現場所有痕跡均被抹去，令人懷疑。(286工藤新壹紐約事件銀發兇手為貝爾摩假扮毛利蘭壹見赤井秀壹)
*莎倫偽造了自己的死亡，繼續以女兒克裏斯的身份生活，在組織中的代號是“苦艾酒”。
*新壹被黑團攻擊，被琴酒逼成柯南。
*柯南在《新幹線爆破》漫畫版中學到了杜松子酒和伏特加的代號。
*在漫畫版中，宮野明美被杜松子酒殺死，但在動畫版中，他被警察逮捕了。
*電子遊戲公司謀殺案柯南遇到了黑暗集團成員龍舌蘭，但他被殺了。
* 10億搶劫黑暗組織，喪姐宮野明美被殺。
*壹名來自黑暗組織的女子大學教授逃離了該組織，住在阿笠博士的家裏。
*黑暗中的死角謀殺。壹個新的睿智的父親被繼母殺害，在柯南的幫助下破案。
*告別黑暗組織被組織成員皮斯克綁架，在柯南的幫助下逃脫。皮斯克因為暴露身份，被琴酒滅口。
(貝爾摩當時也在現場，之後就出去了，在日本定居。因為她覺得當時有其他組織的成員在場，柯南開始懷疑事後她也是該組織的成員。
貝爾摩制造了壹場車禍，企圖殺死新智者壹家，並開始冒充新智者壹家。另壹方面，長大後的朱迪加入了美國聯邦調查局，追蹤貝爾摩來到了日本。在察覺到貝爾摩的企圖後，她暗中救下了新智，她以迪丹高中英語老師的身份隱藏起來進行監視。
*暴命復活，柯南變回新的，扮成黑騎士去見蘭，被變成新的貝爾摩，被朱迪老師發現。
格鬥遊戲的陷阱朱迪遇到了柯南，看到他在園方的幫助下破案(這是朱迪第壹次正式亮相，顯然她發現柯南不簡單，可能已經知道內情了。)
*神秘乘客本集開頭Gin和Belmore之間的壹場戲，說明這壹集和主線有關。年輕的偵探隊和醫生在公共汽車上遇到了壹起去美術館的朱迪和辛楚。這時，艾覺得車上的組織成員變得非常害怕。後來，大巴被劫匪劫持。雖然在大家的努力下劫匪終於被抓到，但艾還是待在快要爆炸的車裏想死。最後被柯南救了。(現在看來，組織成員艾覺得是貝爾摩，和她單獨在壹起的朱迪應該是在監視她的行蹤。幸運的是，在柯南的掩護下，朱迪和貝爾摩都沒有找到艾。同時，這壹集也是赤井秀壹的首次正式亮相。在結尾，他的報告顯示了他在監視誰(現在看來，應該是幫助朱迪監視貝爾摩)
柯南等人結識了來自芝加哥的“詹姆斯·布萊克”老人。後來因為被誤認為名人而被綁架，在柯南的幫助下獲救，被赤井接走。
*佐藤警官去和白鳥相親，最後在柯南的幫助下成功阻止了高木。(這壹集唯壹值得註意的是，柯南用新的冒充高木，但新的(貝爾摩)幫他撒謊，說明貝爾摩此時已經知道了柯南=新壹的秘密。原因可能是作為Hiko的好朋友，她大概是小時候看到了新的照片，所以才發現了這個秘密。當然了。另外，從這壹集開始，新出場次數頻繁，暗示他是和主線有關的人)
*犯罪的紀念品事件(案件本身無關緊要，但與主線有關，即與毛利小五郎有關的案卷被盜，然後被送回，暗示有人在調查他們，這讓柯南相當緊張。是貝爾摩偷了案卷，主要目的是了解與新制作有關的案件(可惜細節還是缺失)。竊取所有相關案件檔案的目的是誤導美國聯邦調查局。故事結尾有壹張赤井監視毛利偵探所的圖片，說明美國聯邦調查局真的把註意力轉向毛利，我們被青山進壹步誤導了)
*方三角事件，柯南再次在朱迪面前破案(案件本身還是無關緊要的，這壹集有幾點值得註意:第壹，朱迪暗示柯南的身份已經暴露，提到了美國聯邦調查局。第二，在該案中，蘭回憶說他曾見過壹個“戴黑色針織帽的人”(即)；最後，在故事的結尾，貝爾摩發來了杜松子酒的郵件，提到了雪利酒，並把飛鏢送到了(也就是艾)的十字照片上，旁邊還有柯南和蘭的照片。個人認為貝爾摩在這個時候正式接到組織的命令要殺艾。
*西方某著名偵探vs英語老師，案卷的丟失讓柯南非常不安。他基本肯定了克裏斯是該組織成員，並進壹步懷疑朱迪就是克裏斯。碰巧來到這裏的服部哲對此很感興趣，於是鼓動柯南去朱迪的公寓進行測試，雙方接觸過程中發生了壹起兇殺案。雖然案子破了，但是對朱迪的考驗卻失敗了。(這壹集的重點是柯南和蘭最後出現在朱迪浴室鏡子後面的照片，照片上的字跡和貝爾摩的壹模壹樣。根據後來的陳述，這是朱迪潛入新發布的房間(即貝爾莫爾)發現相關照片後復制的。同時朱迪也了解到貝爾摩的目標是服喪，但當時這些照片的出現顯然給了我們很多朱迪=貝爾摩。另外，柯南最後說除了朱迪之外的另外兩個可疑人物應該是赤井和信中)
*中華街的雨中似曾相識。在蘭回憶了“戴黑色針織帽的男人”之後，她通過蘭發燒生病時的回憶，講述了金蘋果事件(詳見上文)。
*無聲的證據。小五郎受托尋找失蹤的電腦工程師板倉卓。從當事人的談話中，柯南得知他是龍舌蘭酒的聯系對象，是在電子遊戲公司遇害的組織成員。最後，柯南通過追查案件，得到了該組織的線索——板倉日記(在案件的最後，柯南和藍遇到了，並提到了)。此外，柯南還了解到，蘭和赤井是在那壹年認識的。
柯南通過半倉的日記得知了黑暗組織的行蹤，試圖冒充半倉和伏特加酒的接頭人，但被琴酒看到了，失敗了(雖然是和黑暗組織的較量，但和主線劇情關系不大(感覺琴酒和伏特加酒被排除在主線劇情之外)，唯壹的影響就是柯南和艾最後離開了，被阿凱“剛好”看到，好像艾對其有所感覺。另外，板倉的日記中提到，黑暗組織的龐大計劃甚至影響著人類的未來。看來我們的柯南離老套的“拯救世界”不遠了)
金錢買不到的友情(劇情本身與主線無關，但在開頭，提到艾的父親是著名的瘋狂科學家，母親何麗娜是英國留學生，黑暗集團可能在搞壹個起死回生的計劃)。
*黑暗中的陷阱。少年偵探隊遇到命案，柯南幫忙解決。值得註意的是，柯南和艾在整個故事中都感覺到自己被跟蹤，但跟蹤者最終被迫放棄。(最後，赤井秀壹的出現表明跟蹤他們的人是美國聯邦調查局。由於艾與照片中的人物相似，美國聯邦調查局猜測她就是貝爾摩的目標。此外，赤井最後還說，和艾的照片“太像了”，暗示他和艾以前就認識。奇怪的是，朱迪和阿凱似乎並不經常聯系，也不經常交換信息。)
*四輛保時捷Ai感冒發燒。醫生和柯南把他送到了醫院，但是他被壹個謀殺案堵在了停車場。後來，他遇到了蘭，花園和朱迪在購物，和，誰發現了他們的行蹤，跟著他。最後柯南破案了，醫生卻借了朱迪的車送艾回家，找了新醫生給艾看病。在故事的最後，貝爾摩燒掉了艾的照片，說:“妳準備好了嗎？我找到了，我去找妳”(這是壹次徹底的暴露，貝爾摩和美國聯邦調查局都知道她的地址，貝爾摩還在醫生家裏安裝了竊聽器)。
*醫生帶著柯南和艾去拜訪艾爸爸生前的朋友，設計師出島試圖多了解艾爸爸。當然，設計院必然還會有另壹樁命案。柯南破案的時候，還找到了艾的姐姐設法藏在設計院，艾的媽媽留給艾的那盤磁帶。(艾的媽媽應該在19歲留給艾的錄音裏提到過壹些驚人的事情，但是因為青山愛當懸疑的愛好，我們至今壹無所知。此外，在故事的最後，貝爾莫爾叫來了組織成員“卡爾·多瓦斯”(即蘋果酒)幫忙，正在策劃壹場行動。
PS:這個卡爾多瓦斯是隊裏最差的成員。他連臉都沒露，壹句話也沒說就掛了。
朱迪辭去了迪丹高中的老師(顯然，她會為此做些什麽)，但當蘭和花園去朱迪家參加聚會時，蘭意外地發現了鏡子後面的照片。
*貝爾摩策劃了幽靈船活動，邀請了小五郎、新壹、金，試圖分散柯南的註意力，暗殺艾；朱迪得知了這個計劃，先帶走了艾，並試圖將貝爾摩引入陷阱，但貝爾摩已經知道了這個陷阱，並為此做了安排。另壹方面，柯南邀請服部哲裝扮成自己，並在母親廣子的幫助下化妝成服喪，試圖與黑人組織取得聯系。但艾不放心柯南去，偷了柯南的追蹤眼鏡跟著他。最後，蘭躲在朱迪汽車的後備箱裏，因為她想知道朱迪的真實身份。。。。真的很復雜，期間各方勢力相互沖突，各種秘密相繼被揭露，局勢幾經變化，具體情況這裏就不細說了。最終，貝爾摩逃脫了阿凱，再次放過了柯南，並把柯南和艾藏在琴酒裏，但朱蒂還是設法騙過了依然壹無所知的蘭。(柯南知道黑暗組織老大的郵箱，也就是《七個孩子》這首歌)
*柯南等人去壹個鋼琴世家調查“七個孩子”的音樂
*小五郎在和播音員的壹次對話中得知她被惡作劇的門鈴困擾，於是和柯南、蘭壹起去了樂乃的家。雖然小五郎等人抓到了犯人，但此時柯南從安裝的bug中意識到，可惜奈其實是黑組織的黑幫成員。隨後，該黑組織制定了在edayP下午1暗殺壹名代號為DJ的男子的計劃。被美國聯邦調查局和柯南攔住，水無憐奈受傷昏迷。
*貝爾摩去了水無憐奈壹個事故目擊者的家裏，引起了柯南的註意。
*小蘭的新同學穎友總是給柯南不好的感覺，四處尋找她的妹妹穎海，她長得和水無憐奈壹模壹樣，但血型不對。黑暗組織到處尋找水無憐奈。水無憐奈得到了美國聯邦調查局的幫助，假裝失去了知覺。被本堂的應友攻擊後，不得不說出自己的真實身份。原來水無憐奈是中央情報局的臥底。水無憐奈答應赤井秀壹重返組織，但他接到的第壹個任務是殺死赤井秀壹。赤井秀壹有犧牲的嫌疑。
*水無憐奈向朱迪泄露了信息，並組織驅逐了壹名強大的偵探波旁。工藤新壹的房子搬到了壹個名叫莊雅昂的新房客那裏。據海原愛反應，此人人脈很廣。他是組織的臥底波旁還是重生的赤井秀壹？