(1)辦公室。
負責文電、會議、機要、信訪、宣傳和檔案管理；負責綜合性稿件的起草；承辦信息、監察、保密、政務公開和電子政務工作；政府事務的綜合協調。
(2)組織幹部部。
指導高校黨建和統戰工作；受省委委托，會同省委組織部管理省屬高校領導幹部，承擔高校領導班子日常管理工作；參與中央部委駐皖高校和市屬高校領導班子調整；負責民辦高校校長任免的審批和監事(兼任黨組織負責人)的管理。
(3)思想政治工作辦公室。
全面管理和指導教育系統的思想政治工作；宏觀指導各級各類學校的安全穩定、政治安全、精神文明建設和網絡文化建設與管理；負責高校和中專學校的思想政治工作、師生安全穩定和輔導員隊伍建設；管理和指導高校思想政治理論課的宣傳教育教學和師德師風建設；指導高等學校和直屬單位出版物的監督管理工作；聯系和協調全省各級學校及周邊地區的社會治安綜合治理工作。
(4)政策法規司。
研究教育改革和發展戰略，對重大問題進行政策研究；承擔全省教育系統法制建設和依法行政的相關工作；起草地方教育法規草案；承辦相關規範性文件的審查、行政復議和行政訴訟。
(5)人事部門。
負責機關、直屬事業單位和大中專院校的組織、人事管理及相關人事制度改革；負責中專學校領導班子的建設；指導高等學校和部門中等專業學校教師和管理人員隊伍建設，承擔高等學校和部門中等專業學校教師綜合管理工作；承擔教育系統表彰獎勵的相關工作。
(6)發展規劃辦公室。
制定全省教育發展規劃和年度計劃並監督實施；規劃和指導全省高等學校管理體制改革和布局結構調整的相關工作，負責省屬高等學校和師範、衛生中等學校設立、撤銷、更名的申報和審核；擬訂省屬普通高等學校、普通中等學校招生計劃和高中階段教育指導性招生計劃；宏觀指導全省教育系統的基本建設，承擔高等學校和直屬機構的基本建設管理；承擔全省基礎教育信息的統計、分析和發布工作；指導大中專院校後勤社會化改革。
(7)財務部。
參與制定教育經費政策和教育收費項目和標準；編制部門所屬高等學校、中專學校和直屬事業單位的預算、決算；參與管理省財政下達的教育經費、教育基礎設施投資和教育費附加；負責全省教育經費投入和使用的統計監測；指導教育系統的內部審計；指導學校和直屬單位的財務和國有資產管理，監督資本運營；承擔國(境)內外教育資助和教育貸款的管理工作；參與義務教育經費保障機構的經費管理；負責本機構的財務工作。
(8)基礎教育司。
承擔全省義務教育、普通高中教育、學前教育、特殊教育和民族教育的宏觀管理；制定全省基礎教育發展的政策和基本教學文件；指導教育教學改革和教材建設，組織基礎教育地方課程教材審定，規範基礎教育教材教輔管理；指導中小學德育和校外教育工作；制定中小學、幼兒園評估標準並指導實施；指導中小學圖書館、實驗室設備和教學信息。
(9)高等教育司。
統籌管理全省各類高等教育；負責高等教育教學的宏觀管理，組織實施高等學校學科專業目錄和指導性文件；高等學校專業設置的集中管理；指導高等教育的教學基本建設、教學質量評估和教學改革；指導高等學校圖書館和實驗室的建設；指導各類高等繼續教育和遠程教育；參與制定高等教育發展規劃、機構設置和高等教育招生制度改革。
(10)職業和成人教育司。
統籌管理全省中等職業教育和成人教育；指導中等職業教育和成人教育的教育教學工作；指導學校的專業建設、課程建設、教材建設、實習實訓基地建設和圖書館及實驗儀器設備建設；指導農民文化技術教育、社區教育、職工教育和掃除青少年文盲工作；參與中等職業教育和成人教育的發展規劃、結構調整、體制改革和教師隊伍管理；參與制定高中階段教育招生制度和中等職業學校家庭經濟困難學生資助政策措施。
(十壹)民辦教育部門。
承擔全省各級各類民辦教育的統籌管理和綜合協調工作；擬訂鼓勵和規範民辦教育發展的政策措施，協調組織實施，負責對民辦高等學校和學院的辦學方向和行為進行監督檢查；負責民辦非學歷高等教育機構的設置和調整，參與民辦高等教育機構的設置和調整，審核招生計劃，審批校(院)長任命；承擔民辦高校的管理工作；承擔民辦高等學校和學院招生簡章和廣告的審核、備案工作；指導市、縣教育行政部門做好民辦教育機構和二級以下學校辦學行為的監督和指導工作。
(12)教師辦公室。
統籌全省中小學和中等職業學校教師隊伍建設，制定中小學和中等職業學校教師隊伍建設和繼續教育規劃；指導和協調中小學和中等職業學校教師繼續教育、資格認定、職稱評定和校長培訓工作；指導中小學的編制、工資福利、人事制度改革；指導中小學和中等職業學校師德師風建設，保障教師權益，城市教師支援農村教育。
(十三)省政府教育督導小組辦公室。
擬定全省教育督導的規章制度和政策措施；擬訂教育督導評估的標準、指標體系和方案，指導全省教育督導工作；負責監督檢查教育法律、法規和方針政策在全省的貫徹實施；負責督促檢查市、縣人民政府及相關職能部門履行教育職責；組織全省中等及以下教育的監督檢查；負責省政府教育督導組的日常工作。
(14)學院學生事務處。
統籌指導全省各高校學生管理工作；承擔普通高等學校畢業生離校前的就業指導和服務工作；參與制定普通高校和中專畢業生就業政策；參與實施國家急需畢業生就業專項計劃；指導市縣教育行政部門開展大學生就業指導和服務；指導大學生日常管理、獎懲和心理健康教育工作；負責全省大學生學籍管理和電子註冊工作。
(十五)科學研究和研究生教育司(省政府學位委員會辦公室)。
統籌規劃和指導高等學校自然科學、哲學社會科學研究；組織協調高等院校承擔國家和省重大科研項目的實施；指導重點學科、重點實驗室、工程研究中心、大學科技園、哲學社會科學研究基地和“211工程”建設；指導高新技術產業發展、高校“產學研”合作和知識產權工作；規劃和指導全省教育信息化工作；統籌管理全省研究生教育，指導高等學校和科研單位研究生的培養；承擔和指導學位授予單位和學位點的審批工作，承擔省學位委員會辦公室的日常工作。
(十六)體育健康藝術教育處。
指導各級各類學校的體育、衛生與健康教育、藝術教育和國防教育工作；制定相關政策、教育教學指導性文件，規劃和指導相關專業教材建設和教師培訓；指導和協調大中學生參加全國性體育比賽和藝術交流活動；監督學校食品衛生和公共衛生。
(17)外事辦公室。
開展國際教育合作與交流；管理留學和安徽留學；審核並參與監管涉外教育中介機構、中外合作辦學機構和項目、外籍教師；指導漢語國際推廣工作；審批在安徽舉辦的外國教育展；承辦與香港、澳門特別行政區和臺灣省的教育交流與合作。
退休辦負責機關事業單位退休人員的服務管理，指導直屬單位退休人員的服務管理。
政府機關黨委負責政府機關和直屬單位的黨群工作。
受省紀委、省監察廳委托，省教育委員會(監察廳)負責協調和指導全省教育系統紀檢監察工作。