1，師資力量對比
南京大學現有教學科研人員約4000人，其中兩院院士30余人，國家領軍人才327人，國家青年人才347人，“973計劃”等國家重大科技項目首席科學家103人，國務院學位委員會學科評估組成員22人。中國科學技術大學現有教職工2600余人，其中兩院院士約60人，教授810余人，副教授900余人。
兩者相比，南京大學總體上師資力量更強。
2.學生人數對比
南京大學現有本科生13300余人，研究生17000人，博士生8300余人，留學生1100余人。
中科大現有本科生7400多人，碩士生5800人，博士生2400人。
兩者相比，南京大學的學生規模也明顯高於中科大。
3.重點實驗室對比
南京大學擁有南京微結構國家實驗室(待建)，固體微結構物理國家重點實驗室、現代配位化學國家重點實驗室、計算機軟件新技術國家重點實驗室、內生金屬礦床成礦機理研究國家重點實驗室、藥物生物技術國家重點實驗室、汙染控制與資源研究國家重點實驗室(與同濟大學共建)、生命分析化學國家重點實驗室。
中國科學技術大學同步輻射國家實驗室:
中科大擁有同步輻射國家實驗室、合肥微尺度材料科學國家實驗室、火災科學國家重點實驗室、核探測與核電子學國家重點實驗室(聯合)；語音和語言信息處理國家工程實驗室(聯合)和類腦智能技術及應用國家工程實驗室。
兩者相比，南京大學的重點實驗室數量也比中科大多。而中科大擁有兩個國家實驗室，在國內高校中獨樹壹幟，在物理和量子通信方面的實力明顯強於南京大學。
4.“世界壹流”學科的比較
南京大學有哲學、中國語言文學、外國語言文學、物理、化學、天文、大氣科學、地質學、生物學、材料科學與工程、計算機科學與技術、化學工程與工藝、采礦工程、環境科學與工程、圖書情報與檔案管理、***15“世界壹流”學科。
中科大擁有數學、物理、化學、天文、地球物理、生物、科技史、材料科學與工程、計算機科學與技術、核科學與技術、安全科學與工程以及***11“世界壹流”學科。
兩者相比，南京大學的“世界壹流”學科比中科大多，哲學、中國語言文學、外國語言文學都進入“世界壹流”學科建設，文科領域的專業實力碾壓中科大。
5.科研經費比較
南京大學2021的預算是86.39億元，中國科學技術大學2021的預算是73億元，相差不大。但按師生人均經費計算，中科大碾壓南京大學。
6.區域優勢比較
南京大學位於江蘇省省會南京，中國科技大學位於安徽省合肥市。從區域優勢、經濟發展、經濟規模來看，南京更有優勢。但也要看到，合肥的經濟總量也在快速提升，電子信息、新能源汽車等產業也在快速發展，創新基礎設施、人才政策也非常完備。相信隨著量子通信、量子計算等技術的成熟，合肥的經濟發展和對人才的吸引力與南京的差距會越來越小。
8.綜合比較後的報考建議。
1.文科生要選擇哲學、歷史、文學、法律、新聞、經濟金融專業的學生，首先要選擇南京大學；
2、理科生，如果想學電子信息，計算機可以傾向於選擇南京大學；如果妳想學數學、物理、化學、天文、地球物理，我建議妳首選中科大；
3.這兩所大學的機械、航天、交通、建築、土木等專業並不是他們的特色優勢。建議考生和家長謹慎報考。