經教育部批準，三峽大學於2000年5月25日由原武漢水利電力學院(宜昌)和原湖北三峽學院合並而成。
原武漢水利電力大學(宜昌)前身為葛洲壩水電工程學院，成立於1978。先後隸屬於水利電力部、能源部、電力工業部和國家電力公司。1996年與原武漢水利電力大學合並，組建新的武漢水利電力大學，成為“工程211”建設大學的重要組成部分。
原湖北三峽學院由宜昌師範學院、宜昌醫學院、宜昌職業學院於1996合並而成。
學校的歷史可以追溯到1923。本科教育始於1978，是全國首批學士學位授予單位。1996開始研究生教育，1998培養博士生。學校面向全國31個省、自治區、直轄市和60多個國家(地區)招生，已全面進入全國招生第壹。
學校擁有博士學位授予權、免試推薦優秀本科生攻讀碩士學位資格、免試招收少數民族預科生、留學生、中國政府獎學金生(CSC)、臨床醫學本科生(英語教學)資格和免試招收港臺省生源資格。
學校是水利部和湖北省人民政府共建的高校，是教育部“卓越工程師教育培養計劃”。2018年，學校被省人民政府列為“國內壹流大學建設高校”，水利工程、土木工程、電氣工程等3個學科被列為“國內壹流學科建設學科”。
目前，三峽大學已發展成為水利電力特色優勢明顯、綜合辦學實力雄厚、社會聲譽較高、發展潛力巨大的綜合性大學。