從1879到1896，聖約翰學院由史創辦。當初相當於壹個中專。從1888，弗朗西斯李斯特霍克斯波特是校長(到1941)。
1880年，溫恒利創辦虹口同仁醫院醫學班。
1896至1906，改組為聖約翰學校，有醫學、文科和理科課程，學制改為四年。文恒利是醫務主任。
1906-1952，註冊學校命名為聖約翰大學，先後建立了理學院、醫學院、工程學院、神學院和農學院。
1906，聖約翰大學醫學系，學制改為七年，畢業生授予博士學位。
1914、廣州賓夕法尼亞醫學院與聖約翰醫學院合並組建聖約翰大學賓夕法尼亞醫學院，學制七年。莫攸嗣、刁欣德先後擔任院長。
1947聖約翰大學醫學院成立，倪寶春任院長。1902年底，馬創辦極光學院，蔡元培邀馬建學院，馬捐3000畝不動產支持，並請法國天主教耶穌會士幫忙。
1903-1912、震旦學院，位於徐家匯天文臺舊址，開設了文學和素質(即理科)兩門課程。從1908開始，有文科和理科兩個系。
1903年2月，極光學院正式開學，任命馬為總教師，由其決定極光的章程和宗旨。
1905年2月，法國耶穌會傳教士篡改原章程，學生集體退學，馬辭職，奧羅拉學院關閉。
1905年8月，奧羅拉學院在法國耶穌會的主持下重新開放，成為天主教法國耶穌會直接控制的大學。
震旦大學1912 —1928，遷至陸家灣呂班路(現重慶南路)。從1914開始，分為政治、法律、政治與文學、算術工程和博物學、醫學。後來改名為法政、工科、醫學。
1911年，極光大學醫學預科成立。兩年醫學預科課程和四年臨床實踐。教學醫院有廣慈醫院(瑞金醫院)和安當醫院(盧灣中心醫院)。
1912年，法國傳教士孔任震旦學院院長。
1914自然史與醫學系正式成立，學制四年。
1915，改為醫學系，學制六年。醫學博士畢業。
1928 —1952，奧羅拉大學。從1932開始分為醫學院，法學院，建築學院。
1932，極光大學經教育部批準，醫學部改為醫學院。院長由法國駐華使館博士貝希耶兼任。加個牙科系四年。
1938年，傳教士勒梅(法國裏昂大學病理學博士)繼任院長。
65438-0948，牙學系更名為牙學院，學制六年。
1950，牙科學院更名為牙科系。
1951上海口腔學院並入震旦大學牙科系。同德醫學院同德醫學院創建於1918，撤銷於1952，歷時34年。那是壹所由中國人開辦的私立醫學院。
1918年，中華德醫學會會員沈創造性地成立了醫學院。同年8月，學校定名為“同德醫學院”。長江是德國醫學會的會長，沈是的教務長。設立醫學專業學院，學制五年。九月正式開學。剛建的時候租了槐蔭路19作為校舍。
1919學校在青島路開了壹家附屬醫院。
1920年，德國醫學會決定學校獨立，聘請名人學者組成董事會，由維新派前領袖康有為任董事長兼董事。
從65438年到0925年，黃楚九成為董事長和董事，龐景洲是校長。學校位於同福路67弄1。
65438年至0932年，學校重組董事會，邵力子任董事長，古羽琪任院長。用集資所得購買湘陰路五畝地，建新校舍。
1935，新校舍建成開放。9月，學校正式更名為私立同德醫學院，學制改為六年。上海第二醫學院1952年9月華東軍委衛生部根據中央教育部關於全國普通高等學校調整的決定，將上海聖約翰大學醫學院、震旦大學醫學院、同德醫學院合並組建上海第二醫學院。廣慈醫院(現瑞金醫院)、仁濟醫院劃歸上海第二醫學院附屬醫院。10年10月24日，上海第二醫學院開學典禮舉行。龔乃權兼任會長，胡、王樂三、倪寶春、楊士達為副會長。65438+2月，中共中央華東局組織部批準成立上海第二醫學院委員會，龔乃權任黨委第壹書記，王樂三世任第二書記。
1953，廣慈護理學校與仁濟護理學校合並，成立上海第二醫學院附屬護理學校。
從65438到0954，五祖弘忍大滿禪師醫院被指定為上海第二醫學院附屬醫院。
1955成立基礎醫學系、醫療系、口腔科。醫學院首次招收研究生。
1956第九人民醫院(原名伯特利醫院)劃歸第二醫科大學附屬醫院。五祖弘忍大滿禪師醫院被重組為胸科醫院，隸屬於市衛生局。
1957，二醫護理學校下放，由廣慈醫院領導，更名為廣慈醫院護理學校。
65438-0958年，國家實行高校管理體制改革，二醫成為上海地方高校。關子展被任命為黨委書記。同年，新華醫院成立並規劃為附屬醫院，作為兒科的教育基地。上海市第四護理學校劃歸新華醫院領導，更名為“上海第二醫學院附屬新華醫院護理學校”。上海創傷研究所、學校夜大、上海高血壓研究所相繼成立。
衛生部批準兒科專業學制由五年改為六年。第九人民醫院(原名伯特利醫院)歸還給上海市衛生局領導。
65438到0959，學校決定將醫學部分為壹、二部，壹部在廣慈醫院，壹部在仁濟醫院。1961三月份正式實施。
1962，上海醫學院關閉並入上海第二醫學院。6月，新華醫院兒科更名為新華兒童醫院。
1964，第九人民醫院改劃為二院附屬醫院，作為口腔科教學基地。
1965學校受市衛生局委托在嘉定縣設立上海半農半讀醫學院(1972已撤銷)。
1969期間，二院在皖南績溪縣、寧國縣建立後方醫院。建於1971，後方瑞金醫院，後方古田醫院。1984，兩家醫院合並，更名為上海第二醫學院附屬後方醫院。1986，後方醫院無償移交給當地政府。
1970年舉辦兩年制醫學試點班，招收第壹批工農兵。六年畢業生2801。
1972根據國家統壹規定，學校正式招收三年制醫護工農兵學生。
1975經市文教集團同意，學校開設法語培訓班，今年從中學生中招收50人，1978+00畢業為專科生。65438年2月，學校恢復研究生教育，招收兩年試點班研究生22名。
1976，開始接受外國留學生。首批9名本科生入學。
65438-0977，全國恢復高校統壹招生考試制度，學校招收本科生570人。
1978，市委任命蘭錫純為上海第二醫學院院長。市計委批準了建設寶鋼醫院的規劃，明確寶鋼醫院為上海第二醫學院教學醫院。成立上海市兒科醫學研究所，所長高、郭迪。學校開始招收三年制研究生。
65438-0979分別成立上海內分泌研究所和上海免疫研究所。市教衛處批準撤銷上海第二醫學院衛生學校，校舍移交嘉定縣。原學校的藥學專業並入新華衛生學校。
65438-0980上海第二醫學院被教育部定為全國重點大學。衛生部同意第二醫學院恢復六年的“醫學法語”專業。第二醫學夜大學恢復招生，開設五年制臨床專業。上海免疫研究所被世界衛生組織命名為免疫遺傳學研究合作中心。
1981新華衛生學校更名為“上海第二醫學院新華衛生學校”，被教育部批準為全國重點中等專業學校。第二醫科大學在上海市第六人民醫院設立了醫學三科。同年，經教育部批準，第二醫學院兒科、口腔醫學三個專業由五年制改為六年制。國務院學位委員會批準第二醫學院為首批博士、碩士學位授予單位，6個博士點，21個碩士學位點。
1982第二醫科大學黨委決定在寶鋼醫院設立四個醫療科室。該所與上海科技大學聯合開設了生物醫學工程專業。同年，上海口腔醫學研究所成立。
1983我院編寫的《醫學倫理學概論》由衛生部推薦，人民衛生出版社正式出版。這是建國以來我國第壹部醫學職業道德專著。
1984第二醫學院成立檢驗科和生物醫學工程系。9月，上海科技大學和上海第二醫學院聯合成立上海生物醫學工程研究所。今年成立了上海第二醫學院高級醫師培訓部和上海消化疾病研究所。上海第二醫科大學1985，市政府批準上海第二醫科大學更名為上海第二醫科大學。上海市委教科衛決定在二院正式實行院長負責制。院長對第二醫學院的行政管理實行統壹領導，全面負責醫學、教學和科研工作。黨委對行政實行保證監督。
3月，衛生部批準成立上海第二醫學院臨床藥理學研究中心。5月，國家教委批準第二醫學院設立高級護理專業，學制五年。市高教局批準成立高級護理部。5月，學校成立社會科學系。今年，第二醫科大學醫學生物工程研究中心和上海第二醫科大學傳統醫藥研究中心分別成立。
1986經國家教委批準，設立衛生管理專業。上海市計生委同意在第二醫科大學建立上海生殖醫學研究培訓中心。學校設立了成人教育部，取消了原教務處下設的業余教育部的編制。今年學校首次招收臨床博士生。
65438-0987衛生部同意在上海第二醫科大學建立“國家醫學法語培訓中心”。同年，上海血液病研究所和第二醫科大學口腔醫學院分別成立。
65438-0988上海第二醫科大學是國家教委批準的七年制醫學院校之壹。學校開始招收外國研究生。學校決定設立社會科學系和衛生管理系，取消原社會科學系。第二醫科大學與復旦大學建立校際合作，培養七年制和五年制臨床醫學英語專業學生。市高教局批準第二醫科大學設置醫學營養專業，學制五年。同年，上海市骨科外科研究所和上海市燒傷研究所分別成立。免疫學研究所更名為“上海市免疫遺傳學和免疫病理學合作中心”。
65438-0989經市高教局批準，成立上海第二醫科大學基礎醫學院。市教育衛生辦批準將上海第二醫科大學附屬新華衛生學校、瑞金醫院護理學校、九院護理學校合並為上海第二醫科大學附屬衛生學校。6月1988-6月1989為上海市第六人民醫院、上海市紡織局第壹、二醫院、盧灣區中心醫院、市醫學檢驗中心、市兒童醫院、市精神衛生中心等11醫院舉行教學醫院掛牌儀式。
1991上海市組委會同意成立上海第二醫科大學附屬上海兒童醫學中心。中法共建的衛生部上海第二醫科大學法語培訓中心在該校揭牌。經人事部和全國博士後管理委員會批準，第二醫科大學設立臨床博士後流動站。同年，上海激光醫學研究所成立。
65438-0992，第二醫科大學開始招收外籍博士生。
從65438到0993，全國首個人類基因治療研究中心、第二醫科大學生物力學實驗室、上海市人類基因組研究重點實驗室相繼成立。上海市高教局醫學細胞生物學重點實驗室在第二醫科大學掛牌。同年，上海老年護理中心在瑞金醫院揭牌。
1994，第二醫科大學臨床醫學教育研究中心成立。國務院學位委員會批準第二醫科大學為博士生導師自考試點單位。
1996，第二醫科大學成人教育學院成立。上海市人民政府組織的專家評審委員會對我司申請進入“211工程”進行了部分預審，同意列入國家“211工程”建設項目。
65438至0997，上海第二醫科大學同意將上海兒童醫學中心列為新華醫院分院。
65438-0998，上海消化外科研究所、上海人類基因組研究中心成立。嘉定衛生學校並入上海第二醫科大學衛生學校。
65438-0999上海市小兒先天性心臟病研究所、上海第二醫科大學小兒血液腫瘤研究中心、中國科學院上海生命科學研究院* * *成立上海生命科學研究院健康科學中心。瑞金醫院與盧灣中心醫院、上海市立醫院的合作合並正式啟動。
2000年，上海第二醫科大學全科醫學培訓中心宣告成立。這是上海建立的第壹個全科醫學培訓中心。上海第二醫科大學和上海交通大學聯合成立了醫學植物工程聯合研究所。
2001，上海市精神衛生中心與第二醫科大學聯合成立精神衛生臨床醫學院。上海第二醫科大學發育生物學研究中心成立。第二醫學院護理專業由五年制改為四年制。
2002年，中法生命科學與基因研究中心、第二醫科大學健康學院和遠程教育學院成立。中國科學院上海生命科學研究所與第二醫科大學合作共建的“健康科學中心”舉行揭牌儀式。
2003年，第二醫科大學護理學院和上海第二醫科大學微創外科中心成立。
2004年，教育部公布了第壹批國家精品課程，第二醫科大學王壹菲教授領銜的《組織學與胚胎學》名列其中。成立第二醫科大學研究生院和第二醫科大學中醫藥人文與健康管理學院。中法共建“中國科學院上海巴斯德研究所”、第二醫科大學與莫納什大學合作協議簽署、中澳健康管理教育研究與培訓中心分別揭牌。第二醫科大學與芬蘭中北大學合作建設的中芬醫學教育中心在芬蘭科科拉揭牌。上海交通大學醫學院2005年，上海交通大學和上海第二醫科大學正式合並。新上海交通大學是教育部直屬大學。在原上海第二醫科大學和原上海交通大學醫學院的基礎上，成立上海交通大學醫學院。教育部和上海市政府將合作建設上海交通大學醫學院。同年，成立了第二醫科大學醫學教育發展和研究中心和生物醫學倫理學中心。附屬寶鋼醫院更名為附屬第三人民醫院。上海市教委批準原上海第二醫科大學衛生技術學院為獨立全日制學院——上海衛生職業技術學院，受上海市教委和上海交通大學醫學院雙重領導。6月，醫學教育發展與研究中心在第二醫科大學二級學院及相關院系開展了自2003年教學評估以來的首次教育教學整改驗收工作。驗收采用發展性教學評價，對學校采取的措施和效果進行驗收。
2006年，醫學院“十五”和“工程211”通過驗收，並通過專家組評估驗收。同年，上海交通大學醫學院數字醫學研究所成立。上海交通大學人文與健康管理學院(上海交通大學中醫藥人文與健康管理學院)更名為上海交通大學公共衛生學院。上海市精神衛生中心、中國福利會國際和平婦幼保健院正式成為上海交通大學醫學院附屬醫院。
2007年，分別成立了醫學院婦產科研究所、上海交通大學醫學院上海幹細胞研究所、醫學院精神衛生系、婦產科、兒科。上海交通大學醫學院蘇州九龍醫院開業。上海交通大學醫學院中法醫學系和醫學科學研究所分別舉行了揭牌儀式。
2008年，上海國際口腔治療師學校在醫學院附屬第九人民醫院揭牌成立。今年首次嘗試中外聯合培養“MD+PhD”雙學位研究生。