上海中醫藥大學是教育部和上海市人民政府共建的高校，上海市高水平大學，全國首批世界壹流學科建設大學，世界壹流中醫藥大學建設聯盟和長三角醫學教育聯盟創始成員，上海市高水平地方大學建設試點單位，世界衛生組織首批傳統醫藥合作中心，國際標準化組織中醫藥標準與技術委員會秘書處所在地。先後入選國家“111計劃”、優秀博士(中醫藥)教育培養計劃、國家高水平大學研究生建設工程、國家“特色重點學科工程”、國家大學生創新創業培養計劃、新型工程研究與實踐項目、教育部人才培養模式創新實驗區、國家基礎研究與教學人才培養基地、國家大學生文化素質教育基地。學校和上海中醫學院合作辦學。
截至2018年5月，學校有14個學院、系、中心，8個附屬醫院，23個研究所。國家重點學科6個(含2個培育學科)，“雙壹流”建設學科2個；38個國家中醫藥管理局重點學科；教職工近1.300人，其中兩院院士3人，國醫大師2人，全國名老中醫2人，上海市名老中醫69人，高級專家教授700余人。全日制學生近8000人。