負責綜合協調、監督檢查、對外聯絡、文電、會議、機要、文件、印章、保密、年度工作計劃、目標管理、制度建設、信息化建設和後勤服務管理；負責機關及所屬事業單位的編制、組織、人事、社會保障、退伍軍人服務和培訓工作；承擔局黨委和局黨組的日常工作。
(2)營業所。
負責審查烏江流域大中型水利水電工程移民規劃綱要和移民安置規劃；組織開展流域內重大移民工程、搬遷改造工程的規劃設計技術審查和規劃變更、投資調整的審查工作；組織編制本流域移民年度任務和資金計劃；負責本流域移民工作的指導、協調、監督和驗收；承擔本流域重大移民問題的調查處理。
(3)事業部二。
負責南、北盤江、紅水河流域大中型水利水電工程移民規劃大綱和移民安置規劃的審查；組織開展流域內重大移民工程、搬遷改造工程的規劃設計技術審查和規劃變更、投資調整的審查工作；組織編制本流域移民年度任務和資金計劃；負責本流域移民工作的指導、協調、監督和驗收；承擔本流域重大移民問題的調查處理。
(4)業務三科。
負責清水河流域大中型水利水電工程移民規劃大綱和移民安置規劃的審核；組織開展流域內重大移民工程、搬遷改造工程的規劃設計技術審查和規劃變更、投資調整的審查工作；組織編制本流域移民年度任務和資金計劃；負責本流域移民工作的指導、協調、監督和驗收；承擔本流域重大移民問題的調查處理。
(5)商業無處不在。
負責全省大中型水利水電工程移民後期扶持規劃、基礎設施建設和經濟發展規劃的指導、管理和審核；承擔全省新建大中型水庫移民後期扶持人口的調查、登記和初步核實工作；負責移民後期扶持任務和資金年度計劃的編制、下達和綜合統計；會同有關部門負責小型水庫資金的安排、檢查和監督；負責組織和指導移民就業技能培訓；組織對全省水庫移民後期扶持政策落實情況進行指導、監督、檢查、監測和評估；承擔後期重大支持問題的調查處理。
(六)政策法規司。
組織和綜合協調移民工作重大問題的調查研究，組織起草與移民工作有關的政策、法規、規章和其他規範性文件；負責綜合性業務文件和領導講話材料的起草和審核，負責相關規範性文件的合法性審查；監督檢查移民工作法律法規的實施；承辦移民工作宣傳、信訪接待、相關行政復議和行政訴訟。
(7)財務審計局。
負責本局的財務管理；指導和規範全省移民資金的使用和財務管理；編制部門預決算，負責局機關及所屬部門財務會計制度建設、資金(資產)監管和績效評價；組織全省移民系統內部審計；配合有關部門做好移民資金的籌集、籌集、協調和審計工作；負責局機關和直屬單位國有資產的監督管理。
(8)監察室。
研究制定出入境檢查的規章制度；組織開展對全省大中型水利水電工程移民規劃和後期扶持規劃實施情況的檢查；組織查處移民工作中的違法違規行為，對違反移民法規的行為實施行政處罰；組織編制和下達全省在建大中型水利水電工程年度移民任務和資金計劃，承擔移民綜合統計工作。
政府機關黨委負責政府機關及所屬事業單位的黨群工作。
紀檢監察機構按照有關規定設置。