學校主校區位於六朝古都南京，由玄武門校區、燕子磯校區、鎮江校區組成。宣武門校區專註於研究生教育，坐落在風景如畫的玄武湖畔，花木繁茂，綠草如茵。燕子磯校區以本科教育為主。它坐落在燕子磯腳下，北臨長江。校園依山而建，芳草錯落，風景優美，頗有園林建築風格。鎮江校區以高等職業教育為主，位於歷史文化名城鎮江東部文教區。2003年7月，經批準，學校在江寧購置了2439畝土地建立新校區，設計建築面積68萬平方米。新校區將建成網絡化、數字化、人性化、花園式的現代化大學校園。
目前，學校占地面積610畝，建築面積27萬平方米。研究生1380多人(其中博士生1/3)，全日制本科生7500多人，成教生13000多人。
學校師資力量雄厚，有多名藥學專家教授。現有教職工1400多人，專任教師610多人，其中中國科學院院士1人，中國工程院院士1人，其中40%具有高級職稱，45%具有碩士以上學位，51名教師享受國家政府特殊津貼。先後有70多人擔任過國務院學位委員會學科評審組成員、國家自然科學獎評委、國家科技進步獎評委、中國藥典委員會委員、國際國內學術團體負責人、國家新藥評審委員會委員、國家和國際期刊主編和副主編等職務，在國內外享有較高聲譽。
學校由10個學院、系、部和6個研究所組成，包括藥學院、中醫學院、生命科學與技術學院、國際醫學商學院、高等職業技術學院、成人教育學院、基礎部、社會科學部、體育部、外語系。博士點23個，其中藥物化學、生藥學、藥學為國家重點學科，現代中藥、天然藥物為江蘇省重點學科。藥學有博士後流動站，14學科可招收博士後；碩士項目26個；設置18個本科專業和5個專科(高職)專業。學校是教育部指定的唯壹接收藥學專業留學生、進修生和高級訪問學者的基地，也是教育部批準的接收華僑、港澳臺學生省省定點院校之壹。學校的高等職業技術學院是教育部確定的全國首批15示範性職業技術學院之壹。
學校加強了就業指導，畢業生保持了較高的就業率。壹方面，畢業生基礎紮實，知識面廣，綜合素質好，受到社會和用人單位的歡迎和好評。另壹方面，醫藥行業被稱為“朝陽產業”，社會對醫藥人才的需求與日俱增。因此，學校畢業生就業率壹直位居江蘇省高校就業率之首，是就業率最高的教育部直屬高校之壹。比如2003屆畢業生就業率在教育部直屬高校和江蘇省高校中排名第壹。2004年畢業生總就業率為99.54%；其中，畢業生就業率100%；本科生就業率99.82%；專科生就業率98.10%。
學校科研立足國際前沿，充分發揮藥學、中藥學學科齊全的優勢。通過學科群建設，促進學科交叉滲透，顯著提高科技創新能力。學校獲得國家、省部級科技成果獎100余項，新藥證書100余項，新藥壹級證書近10項，申請專利150余項，多項達到國際先進水平。其中，許教授主持的“常用中藥材品種整理與質量研究”獲國家科技進步壹等獎。自1998年以來，“863”項目、“973”項目和國家自然科學基金重點項目的數量壹直處於國內同類高校和科研院所的前列。
圖書館藏書70萬冊，中外文期刊5000多種。近年來，我們加強了以數字化建設、信息服務和藥學為特征的圖書文獻信息保障體系建設，大力建設數字圖書館。
學校擁有校園計算機網絡和壹批設備齊全的本科教學實驗室。還有制藥有限公司、藥用植物園、中藥標本館、GMP達標實訓基地等教學實習基地。江蘇、浙江、山東、上海的壹些知名藥企建立了大學生教育實踐基地。
學校國際學術交流頻繁活躍。與日本、美國、英國、意大利、澳大利亞、比利時、香港等國家和地區的23所學校和科研機構簽訂了校際學術交流協議。還與德國、俄羅斯、法國、韓國、瑞士、瑞典、加拿大、香港和澳門等30多個國家的大學和研究機構建立了學術聯系，為世界34個國家培養了博士和碩士。