(1)專業碩士和學術碩士處於同壹層次，培養規格不同，培養目標差異明顯。專業碩士教育的突出特點是學術性和專業性緊密結合。獲得專業學位的人主要從事專業背景明顯的工作，如工程師、醫生、教師、律師、會計等，而不是學術研究。這是壹種以專業實踐為導向，強調實踐和應用，培養具有專業和專門技術的正規和高水平訓練的高級人才。
(2)學術型碩士按學科設立，以學術研究為導向，強調理論和研究，培養大學教師和科研機構研究人員。
第二，培養方式不同。
(1)專業碩士課程以實際應用為導向，以專業需求為目標，以綜合素養和應用知識與能力的提高為核心。教學內容強調理論與應用課程的有機結合，突出案例分析和實踐研究；教學過程重視團隊學習、案例分析、實地調研、模擬訓練等方法的運用；註重培養學生研究實際問題的意識和能力。在具體的學習過程中，要求至少有半年的實踐環節，實踐學分比例大於學歷學位。
(2)學術型碩士課程側重於加強基礎理論的學習，培養學生科研創新的能力和素質。
第三，申請條件不同。
專業碩士，有些專業的申請要求與學術型碩士相同，但那些工商管理、公共管理、工程管理、旅遊管理、工程碩士中的項目管理、教育碩士中的教育管理、體育碩士中的競賽組織等專業，申請條件是:大學畢業後有3年以上工作經驗的人；
或者取得國家承認的高等職業院校畢業證書後具有5年以上工作經歷，達到與大學專科畢業同等學力的人員；或取得碩士學位或博士學位並有2年以上工作經歷的人員。
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