侯祥麟1935畢業於燕京大學化學系，同年考入上海中央研究院化學研究所，研究明礬石提取氧化鋁。1937上海淪陷後，參加抗日救國工作，次年4月加入中國* * *生產黨。期間，先後任重慶西南交通運輸部副總工程師、雲南光華化工公司煉油部主任、重慶軍械部煉油工程師，從事用煤、植物油煉制汽柴油和用酒精混合汽油作燃料的研究和生產，以助抗日。
1945年，根據周恩來的指示，經組織批準，他通過自費出國留學考試，到美國匹茲堡的卡內基理工學院(現改名為卡內基梅隆大學)學習化學工程，同時在該院煤炭研究室工作。先後完成碩士和博士學位論文(兩篇論文分別發表在1949年美國《化學工程展覽》和1954年英國《燃料》雜誌上)，1948年冬獲得理學博士學位。次年年初，他在波士頓麻省理工學院化學工程系燃料研究室擔任副研究員。他和黨員、留學生之壹、進步學生壹起發起成立了“留美科學家協會”，並擔任第壹任執行理事。300多名“美國科協”的專家學者先後回國，其中許多人成為新中國科學事業中某些學科的開拓者，有幾十人成為中國科學院院士。
1950年4月，侯祥林回國，清華大學燃料實驗室化工系研究員、教授。為了解決當時液體燃料的嚴重短缺，他從事人道主義油的研究。1952調入中國科學院大連石油研究所任研究員、代理所長。65438-0954年調入燃料工業部石油總局煉油處任總工程師。1955成為中國科學院最早的成員之壹，參與制定中國1956-1967 12科技發展計劃，負責完成計劃18任務(擴大液體燃料和潤滑劑來源)的制定，著手組建煉油科技團隊和科研機構。當年任石油工業部技術司副司長。1958石油研究院成立，任副院長，1965任院長。在他的帶領下，1960年，12計劃中的18煉油科技任務基本完成；1962在非常困難的條件下研制出氟油、矽油、酯油等壹系列特種潤滑材料，填補了國內空白。在航空煤油進口渠道受阻、國內航空煤油試制壹次又壹次失敗的情況下，他研究找出了我國原油含硫量低導致噴氣發動機鎳鉻合金火焰筒高溫燒蝕的機理，解決了以前從未提出過的技術難題，研制出我國1號、2號航空煤油，並於1962年正式供應空軍和民航。這項成果獲得了國家新產品獎。侯祥林作為第壹貢獻者，以1984獲得國家自然科學發明四等獎。描述這壹機理的論文發表在《石油學報》1981。隨著大慶油田的發現，石油工業部於1961年底召集侯祥林等專家研究制定了煉油科學技術發展規劃，提出要盡快掌握流化催化裂化、催化重整、延遲焦化、尿素脫蠟及相關催化劑和添加劑的關鍵技術。次年年初，煉油新技術核心領導小組成立，侯祥林為成員，負責規劃、組織和領導煉油新技術的研發。同年參與編制了國家科委10中長期科技發展規劃，制定了石油煉制行業1963-1972科技發展規劃。在他的組織領導下，於1965年完成了我國煉油新技術“五朵金花”的開發和產業化，實現了我國石油工業的重大跨越。這壹成果獲得了1978的全國科學大會獎。
“文化大革命”期間，侯被震驚並送進幹校進行勞動改造。1971回北京，任燃料化學工業部石油化工研究院革命委員會副主任。1973後改任副總裁兼院長，主導開發提升管催化裂化、渣油催化裂化、減粘裂化、溶劑脫瀝青等新技術，新型催化裂化、重整、加氫、異構化催化劑、高級潤滑油及其添加劑等石化新產品。在主管石油研究院科研工作的20多年間，* * *取得省部級以上科研成果187項，其中國家級成果139項。
1978年，侯祥林調任石油工業部副部長5年，提出並主持制定了10挖潛增效節能措施，使噸原油綜合能耗由101000大卡降至800大卡，取得了18國家科研成果。
中國石油化工集團公司成立1983，侯祥林調任公司首席顧問、技術經濟顧問委員會常務副主任。他組織有關專家，向國務院提出了如何用好1億噸石油的報告。後來，這個報告送到中央政治局作參考，發給參加省、市、自治區第壹書記座談會的同誌；還組織支持了石化科技攻關和國產化工作，推動石化行業與高等院校聯合辦學、聯合研究所，取得了顯著成效。
他主編的《中國頁巖油工業》和《中國煉油技術》分別發表於1984和1991。他參與副主編的《中國化學大百科全書卷》也在1987出版。他還擔任了20多個社會職務。1986年7月8日被授予“馬仁義國際獎”，中國第壹位獲此殊榮的科學家。