壹、黨群部門
海南科技職業學院黨群部包括黨委辦公室、紀委辦公室、黨委組織部、黨委宣傳部、黨委統戰部、工會五個部門，都是學校黨委領導下的重要職能部門。黨群部門主要圍繞學校中心工作，發揮學校黨委的參謀助手、綜合協調、監督和服務保障作用，是學校黨委全部工作的中心和紐帶。
第二，學生處
海南科技職業學院學生事務處是學院黨委和行政的職能部門，負責學生的思想政治教育、行為規範管理、成長服務等工作。下設學生管理部、宿舍管理部、學生資助中心、心理咨詢中心四個部門。貫徹落實學校黨委和行政關於學生工作的決策部署，制定相關政策、計劃和制度，並組織實施，維護學生安全穩定。
三、科研部門部門
海南科技職業學院科研部負責實施學院科技發展規劃，引導全院科技人員參與國家科技創新體系，鼓勵和支持學院師生自主開展知識創新和技術創新活動。組織學院重大科研項目的立項、監督檢查和竣工驗收；負責橫向科研項目的審批、合同簽訂和監督檢查；科技成果檔案管理，積極引導科技成果轉化。