307-308龍舌蘭酒找到板倉卓，命令他開發壹個系統軟件，但遭到拒絕。之後，黑衣組織騷擾板倉卓，最後逼迫他犯罪。286-288心怡和蘭去紐約玩(在去紐約的航班上，心怡人生第壹次破案，開啟了偵探生涯)。Xi子招待他們看百老匯歌劇《金蘋果》，兩人相約在劇院門口與沙龍見面，但沙龍在歌劇開始前借口有事先行離開。歌劇中有壹場謀殺。新壹幫忙破案後，廣子留下聲明，讓他們先打車回酒店。途中，兩人下車找到莎朗送給蘭的手帕。蘭先是遇到了追趕銀發殺手的，又在廢棄的倉庫裏遇到了受傷在逃的銀發殺手。滿頭銀發的兇手在試圖殺死他們時，因欄桿斷裂而從高處墜落，被何藍心怡所救。事後發現銀發兇手已自殺，但現場所有痕跡均被抹去，令人懷疑。(滿頭銀發的殺人犯冒充貝爾摩，毛利蘭第壹次見到赤井秀壹)莎倫偽造了自己的死亡，並以女兒克裏斯的假身份繼續生活。1，2，4心怡在和青梅竹馬的毛利蘭去遊樂場玩時，無意間目睹了黑衣人神秘的地下交易，被伏特加和杜松子酒發現。在被強行灌藥後，她把這件事告訴了阿笠博士，並決定隱藏自己的身份，改名為江戶川柯南，轉學到了迪丹小學。她還成立了壹個少年偵探小組。柯南在552部動畫片中學會了杜松子酒和伏特加的代號(在動畫中，那是壹部迷霧重重的殺狗片)。在13的漫畫中，宮野明美被杜松子酒殺死，但動畫版被改為被警察逮捕。43工藤和妻子得知了柯南的身份。48-49服部平次出現，柯南白喝了壹杯暫時恢復。柯南遇到了黑組織成員龍舌蘭，卻被殺了。57-58服部平次知道柯南的身份，開始合作。128-131海巴拉艾的姐姐宮野明美被杜松子酒殺死，宮野誌保也變小了，逃離了組織，住進了阿笠博士的家裏。她改名為海巴拉艾，說藥名是APTX4869，轉學到迪丹小學。後來，海原愛還透露，該組織在半個世紀前就已經策劃了壹個大計劃。176-178柯南和阿沙拉在放學回家的路上發現了金的保時捷，於是他們對其進行了追蹤，但是金在上面發現了追蹤器。但柯南還是發現了這個黑色組織要在巴渝酒店實施暗殺活動的是代號為Pisco的組織成員。柯南和足原到達北湖酒店，但金已經通知皮斯科雪莉在跟蹤她，並告訴他雪莉壹定會去北湖酒店。刺殺成功後，皮斯科發現了灰色平原，於是打了麻藥暈倒，躲在酒店的酒窖裏。柯南和足原取得聯系後，讓她嘗試喝酒，結果徒勞無功。結果阿沙拉也變回了成年人的身材，並且能夠從煙囪逃到酒店頂樓。沒想到，杜松子酒和伏特加已經在頂樓了。在杜松子酒的折磨下，足原拒絕說出自己脫離組織後的所作所為，身中數槍。柯南這時趕到，用麻醉槍打了金。與此同時，阿沙拉再次從煙囪逃回酒窖。此時，白功的藥效已經過去，阿莎拉的身體又變回來了。然後皮斯科終於露出了真面目。在即將處決足原的時候，柯南再次火速上演英雄救美，而皮斯科則因為刺殺過程中壹個不可挽回的失誤，被琴聲滅口。(貝爾摩當時也在現場，事後拍了照片，在日本定居。因為她覺得當時有其他組織的成員在場，柯南開始懷疑事後她也是該組織的成員。新出智明的父親被他的繼母殺害，並在柯南的幫助下破案。(新發布)-長大朱迪加入了美國聯邦調查局，追蹤貝爾摩，來到日本，作為壹名英語教師隱藏在迪丹高中進行監視。188-193柯南臨時變回了壹身黑衣的新騎士，與小蘭短暫相遇。-貝爾摩制造了壹場車禍，並試圖殺死新出智明壹家，但新的是由美國聯邦調查局秘密保護。貝爾摩開始模仿新出智明。226-227朱迪出道遇到柯南，看到他在園方的幫助下破案。230-231，杜松子酒和貝爾摩的壹幕，說明這壹集和主線有關。少年偵探隊和醫生壹行在公交車上遇到了壹起去美術館的朱迪和新人。這時，我感覺到車上有組織的成員變得非常害怕。後來，大巴被劫匪劫持。雖然在大家的努力下劫匪終於被抓到了，但是我想死在快要爆炸的車裏，最後被柯南救了(這集也是救)海原愛提到Gin是左撇子。253-254新醫生(假扮貝爾摩)可能找到了柯南並分析了案情，使用了變聲器。258-259柯南等人認識了來自芝加哥的“詹姆斯·布萊克”老人。後來因為被誤認為名人而被綁架。後來在柯南的幫助下獲救，被赤井接回。與此同時，詹姆斯也發現柯南不同尋常，並稱柯南為福爾摩斯和酷哥。269-270高木提到與毛利小五郎有關的文件被盜，然後被送回，暗示有人在調查他們，這讓柯南相當緊張。是貝爾摩偷了案卷，主要目的是了解與新問題有關的案情(可惜細節還沒找到)。竊取所有相關案件檔案的目的是誤導美國聯邦調查局，使其認為她的目標與毛利人有關。故事結尾有壹張赤井監視毛利偵探所的照片，可見美國聯邦調查局真的把目光投向了毛利人。271-272柯南再次在朱迪面前破案(這壹集有幾點值得註意:第壹，朱迪在談話中暗示柯南的身份已經暴露，提到了美國聯邦調查局；；第二，在該案中，蘭回憶說她曾見過壹個“戴黑色針織帽的男人”()；最後，在故事的結尾，貝爾摩給琴酒發了壹封郵件，提到了雪利酒，還向的十字照片發了飛鏢，旁邊還有柯南和蘭的照片)。277-278檔案的丟失讓柯南非常不安。他基本肯定了克裏斯是該組織成員，並進壹步懷疑朱迪就是克裏斯。碰巧來到這裏的服部哲對此非常感興趣，於是他鼓勵柯南去朱迪的公寓探險，雙方接觸過程中發生了壹起兇殺案。雖然案子破了，但是朱迪的探索失敗了。最後，柯南和蘭的照片出現在朱迪浴室的鏡子後面。而且照片上的筆跡和貝爾摩的壹模壹樣。按照後來的說法，是朱迪潛入新房間(也就是貝爾摩)發現相關照片後復制的。與此同時，朱迪也了解到貝爾莫爾的目標是莫寧，柯南最後說除了朱迪之外的另外兩個可疑人物應該是阿凱和紐莫爾。284-288毛利蘭回憶起她和心怡去紐約玩時發生的事情。289-290 Haibara Ai提到沼淵己壹郎是該組織的成員。307-311小五郎受托尋找失蹤的電腦工程師板倉卓。從當事人的談話中，柯南得知他是龍舌蘭酒的聯系對象，是在電子遊戲公司遇害的組織成員。最後，通過追查案情，柯南得到了該組織的線索——板倉日記(案件最後，柯南和藍遇到了，並提到了，此外，柯南還得知了藍和阿凱的相遇)，得知了黑組織的行蹤，並試圖冒充板倉和伏特加酒的接頭，但被琴酒識破未果，差點被琴酒抓住(柯南和艾離開時，恰好被阿凱看到)。在板倉的日記中提到，黑組織的龐大計劃甚至影響著人類的未來。329-330阿笠博士提到，艾的父親宮野厚司是壹位著名的瘋狂科學家，而他的母親艾琳娜是壹名英國學生，黑人組織可能正在從事壹項復活死者的計劃。335-336柯南和艾都覺得自己被跟蹤了，但跟蹤者最終被迫放棄。(最後，赤井秀壹出現了，表明跟蹤者就是美國聯邦調查局。由於艾與照片中的人物相似，美國聯邦調查局猜測她就是貝爾摩的目標。此外，赤井最後對艾的照片說“太像了”，暗示他和艾以前就認識。奇怪的是，朱迪和阿凱似乎並不經常聯系，也不經常交換信息。338-339340-341艾感冒發燒了。醫生和柯南把他送到了醫院，但是他被壹個謀殺案堵在了停車場。後來，他在購物時遇到了蘭、淵源和朱迪，發現了他們的行蹤，就跟在他後面。最後柯南破案了，醫生卻借了朱迪的車送艾回家，找了新醫生給艾看病。在故事的最後，貝爾摩燒掉了艾的照片，說:“妳準備好了嗎？我找到了，我去找妳”，貝爾摩和美國聯邦調查局夫婦都知道她的地址，貝爾摩還在醫生家裏裝了竊聽器。在博士家被竊聽後，博士帶著柯南和艾去拜訪艾父親生前的摯友，設計師出島試圖了解更多關於艾父親的情況。當然，另壹起命案不可避免地發生在設計院。在破案的同時，柯南還找到了艾姐姐設法藏在設計院，艾媽媽留給艾的錄音帶，提到了壹些驚人的事情。之後，貝爾莫爾叫來組織成員“卡爾·多瓦斯”(即蘋果酒)幫忙，正在策劃壹次行動。343-344朱迪辭去了迪丹高中的教師職務。然而，當蘭和花園去朱迪家聚會時，蘭意外地發現了鏡子後面的照片，十分可疑，於是她在月圓之夜的雙重神秘中潛入朱迪的汽車後備箱，在最後壹刻救下了艾。另壹方面，貝爾摩沒有開槍打蘭，稱她為天使。顯然，她不想傷害蘭。很多人都認為是信義和蘭在她偽裝成銀發殺人犯的時候救了她。345年，貝爾摩借鬼船活動之機，邀請了小五郎、新壹、金，試圖轉移柯南的註意力，刺殺艾；朱迪得知了這個計劃，先帶走了艾，並試圖將貝爾摩引入陷阱，但貝爾摩已經知道了這個陷阱，並為此做了安排。另壹方面，柯南邀請服部平次喬裝打扮去參加聚會，並在母親佑希的幫助下化妝成喪，試圖聯系黑組織；但艾不放心柯南去，偷了柯南的追蹤眼鏡跟著他。最後，蘭躲在朱迪汽車的後備箱裏，因為她想知道朱迪的真實身份...最後，貝爾莫德逃脫了阿凱的追求，再次放走了柯南，並把柯南和艾藏在琴酒裏，但朱蒂設法騙過了依然壹無所知的蘭。與此同時，柯南聽到了貝爾莫德給這位先生發郵件時的擊鍵聲。346-347 Haibara Ai拒絕了證人保護計劃。361-362真正的新博士回歸。山村操給他的祖母發了壹條信息。最初的按鍵和Boss的郵箱很像，是鳥取縣。後來柯南等人去了壹家琴行後，才知道那天聽到的擊鍵聲是七個孩子的音樂，最後得知了Boss的手機號。在與播音員的交談中，小五郎得知自己被惡作劇的門鈴所困擾，便和柯南、蘭壹起去了可憐乃的家。雖然小五郎等人抓到了犯人，但此時柯南從安裝的bug中意識到，可惜奈其實是黑組織的幫兇。隨後，黑組制定計劃，於下午1在Eddie P刺殺壹名代號為DJ的男子。被美國聯邦調查局和柯南攔住，水無憐奈受傷昏迷。429-430本堂瑛祐首次亮相。462-465貝爾摩去了水無憐奈壹個事故目擊者的家裏，得到了柯南的註意；小蘭的新同學本堂瑛祐在《毛利偵探社》做客時，有意無意地把話題引到了水無憐奈，希望柯南等人前去調查，這引起了柯南的警惕。目擊水無憐奈事故的孩子被壹個懷疑是貝爾摩的陌生女人質問，貝爾摩的咒語出現了。484-485柯南和海原愛進行了調查，並得到了本堂瑛祐父親的照片。本堂瑛祐和水無憐奈的身份越來越清晰。491-504本堂瑛祐總是給柯南不好的感覺。他到處尋找他的妹妹唐本·英海。唐本·英海和水無憐奈長得壹模壹樣，但是她的血型不對。與此同時，黑衣組織正在到處尋找水無憐奈。水無憐奈得到了美國聯邦調查局的幫助，假裝失去了知覺。被本堂瑛祐攻擊後，他不得不說出自己的真實身份。原來，水無憐奈是美國中央情報局的臥底，也是應友的妹妹。水無憐奈答應赤井秀壹重返組織，但他接到的第壹個任務是殺死赤井秀壹，而赤井秀壹有被犧牲的嫌疑。507-508本堂瑛祐知道柯南的身份，並計劃離開日本。柯南對赤井秀壹的死表現得很奇怪。509年水無憐奈泄露信息給朱迪，並組織了壹個強大的偵探，波旁。工藤新壹的房子搬到了壹個名叫沖矢昴的新房客那裏。據海原愛反應，此人人脈很廣。他是組織的臥底波旁還是重生的赤井秀壹？511柯南發現沖矢昴推理能力很強，是左撇子，愛喝波本威士忌。521工藤新壹第三次恢復。542-543海原艾再次感受到了沖矢昴的壓迫感。563-564人出現燒傷疤痕和疑似赤井秀壹。右眼有明顯的燒傷疤痕。最終，該男子拿起劫匪的手槍，在柯南被劫匪劫持的緊張時刻向其開槍。赤井秀壹非常喜歡波旁威士忌。在578-581，疑似赤井秀壹再次出現。與此同時，商場裏的朱迪老師收到了“這裏很危險，快跑”的紙條。這時，沖矢昴也在商場裏，他第壹次見到了刀疤男，但刀疤男沒有找到他。刀疤男用別人的手機把商場裏發生的案件推理發給了毛利小五郎。金、基安蒂酒等人試圖測試赤井秀壹是否還活著，以此來證明基爾是否是臥底，但柯南巧妙地引走了他。與此同時，常也在尋找刀疤男，但刀疤男在瞄準時對著眼前的景象詭異地壹笑。616-621工藤新壹第四次來到倫敦並康復，第壹次向毛利蘭正面表白；同時，工藤夫婦知道海原愛是APTX4869的開發者。阿笠博士在622-623年被綁架，在影片的結尾，海原愛再次表達了對沖矢昴的強烈懷疑。646-651自稱偵探的世良真純現身，轉學到迪丹高中；後來在《柯南平吉》的偵探對決中，朱迪和卡姆邁耶在看到世良的照片後說世良“像某個人”，而詹姆斯第壹眼就看出世良是個女生。656-657年，石良在第壹次看到醫生上傳的視頻時，發現了醫生眼鏡上印著的海原愛的影子，並從嚴光和源泰打聽了“醫生家的小姑娘”(即海原愛)和她的鄰居(即)的情況，可見她對足原很感興趣。他對著沖矢昴的窗戶說，“我還以為是誰剛搬進來，現在看來，真是杞人憂天……”最後，世良把視頻中灰色平原的意外圖像從電腦中刪除了。667-668事件解決後，自稱偵探的安石頭出現，自願成為小五郎的弟子。671-674沖矢昴脫口而出“不要露出那種表情”，這似乎讓足原感到相當在意。伯莫多給波旁打電話，同時，崇雅、世良、安石在接電話。波旁酒似乎是三種酒之壹。從675年到676年，石良似乎壹早就對新有所了解，他也對灰色的平原表現出了興趣。石亮說，他認識壹個“從來不笑的人”，在註意到刀疤壹休的存在後，他非常關註它。足原回憶說，沖矢的那句“不要露出那種表情”和壹直在組織臥底的竹興達(也就是赤井秀壹)的用詞很像。681-683
當初因為柯南被綁架，安世頭被送到警局問話。回來的路上，他遇到壹個少年偵探隊，提到“我這裏還有別的事……”；結尾，安石頭為高木的指導警官伊達掃墓，暗示兩人是朋友。684-685足原誠司的舉動和他們的對話表明，崇亞的脖子裏藏著壹個秘密。690-691沖矢昴行動可疑。他雖然確認了脖子沒有什麽異常，但也沒有說話，等大家都走後，左手拿出了之前藏起來的梳子。石亮在房間裏發現了壹條女性線索，於是崇雅對自己的真實身份產生了懷疑。後來，根據柯南的敘述，她得知這條“女性線索”很可能是工藤有希子留下的。最後，石亮含淚回頭看了柯南和蘭壹眼，說:“果然，我是個壞孩子。”699-700年，石良向小蘭詢問她的車的顏色，假裝在群馬縣與柯南見面，並試圖讓柯南通過手機與海原愛聯系，而布美等人被困在兇手放火的小屋裏，阿莎拉為了讓大家逃生，服用了解藥APTX4869。在嚴光拍攝的視頻中，石亮對宮野誌保感到非常驚訝，這個視頻也被安世頭和沖矢昴通過網絡看到。