哈爾濱市共有49所高校，包括黑龍江大學、哈爾濱工業大學、哈爾濱理工大學、哈爾濱工程大學、黑龍江科技大學、東北農業大學、東北林業大學、哈爾濱醫科大學、黑龍江中醫藥大學、哈爾濱師範大學、哈爾濱學院、哈爾濱商業大學、哈爾濱體育學院、哈爾濱金融學院、黑龍江工業學院。
黑龍江大學
黑龍江大學，位於黑龍江省哈爾濱市，是由黑龍江省人民政府、中華人民共和國、教育部、國家國防科學技術工業局共同創辦的省屬綜合性大學。黑龍江省是“雙壹流”國內壹流大學，入選國家優秀法律人才教育培養計劃、中西部高校基礎能力建設項目、特色重點學科項目。
國家設立了高水平大學研究生項目、中國接收來華留學人員政府獎學金機構、國家深化創新創業教育改革示範大學、教育部留學中國示範基地。是世界翻譯教育聯盟、中俄新聞教育大學聯盟、中俄綜合大學聯盟、上海合作組織大學、“壹帶壹路”智庫合作聯盟成員。
哈爾濱工業大學
工信部直屬全國重點大學哈爾濱工業大學位列首批A類、985工程、211、九大聯盟、環太平洋大學聯盟、中國大學校長協會、全球能源互聯網大學聯盟、中俄工科大學聯盟、中西大學聯盟、中國人工智能教育協會。
先後入選珠峰計劃、強基計劃、2011計劃、11計劃、卓越工程師教育培養計劃、國家大學生創新實驗計劃、建設高水平大學國家研究生計劃、中國政府留學人員獎學金、國家深化創新創業教育改革示範院校等。是第壹批研究生院。