同濟大學按照國務院常務會議精神，從2014秋季學期開始，對所有納入國家招生計劃的新入學研究生收取學費。其中:工程管理碩士(125600)、MBA(125100)、MPA(125200)、法學碩士(非法學)(0351065438)、軟件工程碩士。會計碩士(125300)和翻譯碩士(055101，055102，055109)學費另行通知。其他碩士生學費8000元/學年。
對於全日制學術型研究生和全日制專業學位研究生，同濟大學有完善的獎學金制度(工程管理碩士(125600)、MBA(125100)、MPA(125200)、法學碩士(非法學)(035101)。會計碩士(125300)和翻譯碩士(055101，055102，055109)不納入獎學金體系。納入獎學金體系的全日制學術型碩士生和全日制專業型碩士生，入學時都可以拿到壹年8萬。納入獎學金體系的研究生還可獲得6000元/年的助學金。此外，全日制研究生可以申請助教和助理管理職位，並獲得額外資助。全日制研究生在校期間全部納入上海市城鎮居民基本醫療保險，並可申請國家助學貸款和參加相關專項獎學金的評審。