作為壹所綜合性醫院，北大深圳醫院設立的科室涉及身體健康的方方面面。擅長的科目有骨科、泌尿外科、惡性腫瘤、口腔疾病、老年病學及心血管科等等。
有國家級重點學科和平臺兩個，分別為泌尿外科和骨科生物材料國家地方聯合工程研究中心。除此之外，省市級重點科目、實驗室及研究中心等也不在少數。濃厚的學術研究氛圍為北大深圳醫院提供足夠的理論和設備支持，使其能為患者提供水平更精進的醫療服務。
科室設置
醫院設有預防保健科、全科醫療科、內科、風濕免疫科、外科、婦產科、婦女保健科、兒科(兒內科)、小兒外科、兒童保健科、眼科、耳鼻咽喉科。
口腔科、皮膚科、醫療美容科、精神科、傳染科(感染科)、腫瘤科、急診醫學科、康復醫學科、運動醫學科、麻醉科、重癥醫學科、醫學檢驗科、病理科、醫學影像科、中醫科、中西醫結合科等科室。