為解決基層執法問題，《制度規定》規定了多項措施，解決執業藥師在崗不到位、執業藥師註冊證被吊銷等監管問題。比如第十三條第二款規定，註冊申請人必須遵紀守法，遵守執業藥師職業道德，無不良信息記錄。第二十六條規定，未按規定配備執業藥師的單位，由縣級以上地方藥品監督管理部門責令限期配備，並依照有關法律法規予以處罰。第二十八條規定，以欺騙、賄賂等不正當手段取得執業藥師註冊證書的，由發證部門吊銷執業藥師註冊證書，三年內不得註冊執業藥師；構成犯罪的，依法追究刑事責任。嚴禁掛靠執業藥師註冊證。持有人註冊單位與實際工作單位不壹致的，由發證部門吊銷執業藥師註冊證，並由負責藥品監督管理的部門作為個人不良信息記入全國執業藥師註冊管理信息系統。對買賣、出租《執業藥師註冊證》的單位，依照有關法律法規進行處罰。
《制度規定》明確了對執業藥師和執業單位違規行為的處罰措施，讓基層監管有法可依。有不良信息記錄的執業藥師申請註冊時，在不良信息記錄被撤銷前，不予批準註冊。通過建立執業藥師誠信記錄和執業藥師大數據管理，加大對執業藥師“掛證”的打擊力度，建立“掛證”治理常態化機制。