1．黨政辦公室（掛“昆山市人民政府教育督導室”“市語言文字工作委員會辦公室”）
綜合協調局機關重要黨務、政務、事務。負責擬定年度工作計劃和工作總結；負責文件的運轉和管理工作；負責局重要會議的組織安排和督辦落實；負責文秘、信息、機要、檔案、保衛、保密、新聞宣傳等工作；負責人民來信來訪登記、發送、催辦、註銷等工作；負責機關車輛管理、衛生創建和機關大院管理等工作；負責或協助有關科室做好內、外賓的接待工作；負責人大代表、政協委員建議和提案的辦理、答復工作；會同有關科室做好機關離退休幹部、外事等工作；負責局機關辦公用品的采購、保管和發放。負責市語委的日常工作。會同有關部門，貫徹實施國家語言文字法律法規，督促檢查各級各類學校開展普通話和文字規範化教育，為社會提供語言文字的培訓、測試、咨詢、評估服務。負責全市教育督導工作。
2．組織人事科
負責直屬單位黨的組織建設工作和黨費收繳、管理、使用；負責全市教育系統及局機關的人事、勞動工資、保險福利、機構編制等工作；編制中小學教師需求計劃和繼續教育規劃；擬訂中小學教師隊伍和教育行政幹部管理建設意見和措施；負責管理權限內幹部的培養、考察和任免工作；負責全市中小學校長的考核工作；負責出國（境）人員的報批和政審材料工作；負責師範類畢業生的就業指導及非師範類畢業生的招聘、吸納工作；指導學校內部體制改革和人事制度改革工作；負責教師資格的認定工作；負責中小學教師系列的專業技術職務評審和推薦工作；負責教職工的考核、獎懲、評優、評先和名教師、特級教師的推薦工作；負責教師離退休工作；負責教職工人事檔案管理工作，承辦幹部、人事編制年報和事業單位登記年檢工作。
3．基礎教育科
綜合管理本市基礎教育（含幼兒教育、特殊教育）工作，參與擬訂基礎教育事業發展規劃、布局結構調整和體制改革工作計劃；指導各鎮（區）鞏固、提高九年義務教育水平，推進教育現代化工程，參與指導中小學招生工作；負責指導學校常規管理、教學計劃管理、學生學籍管理和學歷證件的發放工作；負責中小學教材征訂工作；負責實施普通高中畢業會考管理工作和中小學教育質量評估工作；指導各級各類學校的創建工作；負責評估確定蘇州市級基本現代化示範幼兒園；參與並管理社會力量舉辦各類基礎教育學校的有關工作；指導中小學德育、體育、藝術、衛生健康、科普、勞技、人口、國防、環保等教育工作。
4．職業教育和社會教育科
統籌協調全市成人教育、職業教育工作，擬訂成職教事業發展規劃和年度計劃；負責實施全市教育綜合改革；負責成職教的教育教學管理、辦學水平和教學質量的評估；指導有關學校的學生德育工作和教師職業道德教育；協助做好成職教的招生工作、學籍管理；負責構建全市終身教育體系和終身教育實驗工作；協助上級教育部門管理地方高等教育；參與承辦成人中專、職高招生考試考務等工作；負責社會力量辦學（含流動人口子女學校）的審批、管理和評估工作；會同有關部門開展農村實用技術、職工崗位培訓和技術工人等級培訓；負責市民計算機和通用外語等級考核工作；指導職業學校和成人學校的創建工作；負責評估確定蘇州市級示範（合格）鄉鎮成教中心、示範村（廠）成人學校；協調和配合做好成職教合作辦學有關事宜；負責成職教統計年報工作；協助組織人事科管理和培養成職教幹部、師資隊伍；協助計劃與財務（審計）科管理專項經費使用。
5．發展規劃與財務科
指導、協調本市各級各類學校布局調整、校園規劃、校舍建設等工作；負責全市教育事業統計；負責管理市財政下達的教育事業經費、教育專項經費和基建經費；籌措教育經費，負責編制教育經費預決算；指導、監督、管理市教育附加費、人民教育基金和市教育地方附加費的征收與使用；負責農村成人教育和教師繼續教育經費的專項管理；負責全市教育經費投入情況的統計和有關教育經費“三個增長”執行情況的監測；負責局機關和學校國有固定資產的管理和監督；指導各校財務管理，編制直屬學校基建投資計劃；指導協調直屬單位的基建、維修、校園規劃等工作；負責各級各類學校教育經費、預算外收入和校產的定期審計；負責教育費附加、專項經費、重點建設項目的審計；負責對各校收費標準執行情況的監督檢查；負責或協助鎮（區）對離任校長的審計。
6．紀檢監察室
協助黨委搞好本單位、本系統的黨風廉政建設，負責檢查和處理本系統違犯黨紀的案件，受理黨員申訴和對黨員的檢舉控告；負責人民群眾來信、來訪、來電的登記、處理、發送、催辦、答復、註銷等工作。
7．政保科