1.地理位置不同:天水站位於甘肅省天水市秦州區，天水南站位於天水市麥積區。在天水市的不同區域，它們之間有壹定的距離。
2.功能不同:天水站是普通火車站，主要辦理普通鐵路客運業務，包括長途列車和短途列車。天水南站，位於高鐵站內，主要承擔高鐵客運。