南方醫科大學附屬醫院有南方醫院，珠江醫院，第三附屬醫院，中西醫結合醫院，第五附屬醫院，深圳醫院，口腔醫院，皮膚病醫院，深圳口腔醫院，順德醫院，南海醫院。
1，南方醫院
南方醫院創建於1941年，2004年8月隨第壹軍醫大學整體移交廣東省，是南方醫科大學（原第壹軍醫大學）第壹附屬醫院、第壹臨床醫學院，是壹所集醫療、教學、科研和預防保健為壹體的大型綜合性三級甲等醫院，全國首批百佳醫院。
2，南方醫科大學珠江醫院
南方醫科大學珠江醫院位於廣東省廣州市工業大道中253號，占地面積9.8萬平方米，建築面積31.5萬平方米。始建於1947年，是壹所集醫療、教學、科研為壹體的三級甲等綜合醫院。
3，南方醫科大學深圳醫院
南方醫科大學深圳醫院，由深圳市政府投資興建的市屬公立醫院，以“管辦分離”的模式委托南方醫科大學管理。南方醫科大學舉全校之力***建南醫大深圳醫院，將“大南醫”優勢學科資源、專家資源延伸到深圳。
4，南方醫科大學第三附屬醫院
南方醫科大學第三附屬醫院創建於1953年，原名廣東省郵電醫院，2007年4月23日移交南方醫科大學更名為南方醫科大學第三附屬醫院（簡稱“南醫三院”），是壹所三級甲等綜合性醫院。
5，南方醫科大學中西醫結合醫院
南方醫科大學中西醫結合醫院（南方醫科大學腫瘤中心）位於廣州市海珠區。科室設置有腫瘤學科、腎病科、心血管病科、風濕病科（關節病診療中心）、肝病科、脾胃病科（消化內科、內分泌科）
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