組織協調局的日常工作；負責起草相關文件、組織重要會議、文電處理、文秘事務、信息整合、檔案、保密、安全、接待、資產管理、行政後勤等工作。
政策法規宣傳教育科
組織起草國土資源和礦產資源的地方性法規草案；組織相關法律法規的宣傳；調查研究國土資源和礦產資源法律法規實施中存在的重大問題，提出改進意見和建議；組織協調依法行政工作，負責行政復議；組織國土資源科學研究，推廣科技成果；組織實施幹部職工法律法規培訓；組織重大宣傳活動，負責新聞宣傳和信訪工作。
綜合規劃科
組織編制國土規劃、土地利用總體規劃和礦產資源總體規劃；指導和審查土地開發規劃、地質礦產調查評價與勘查規劃、礦產資源開發利用保護規劃、礦山生態環境保護規劃、地質環境保護規劃等基本農田保護規劃、土地復墾規劃、土地整理規劃等專項規劃和地方土地利用總體規劃；參與非農建設項目的可行性論證；參與全市經濟形勢的分析和研究，監測和預測土地資源的供求關系和運行情況，提出土地供應政策和措施；參與行業和區域發展研究，運用國土資源行政許可職能，從土地和礦產資源總量和結構上對經濟運行進行宏觀調控。負責國土資源和礦產資源管理的綜合統計工作；組織全市鎮、村以上土地利用總體規劃的編制和初審；編制和下達年度土地利用計劃。
財務科
組織制定和實施財務會計制度；對各類行政事業性收費進行財務監督管理；監督管理國有資產和直屬事業單位資產；負責行政機關的行政經費和各項專項業務支出，編制預決算；負責礦產資源補償費征收和使用的財務監督和監督管理，收取土地專項資金。
耕地保護和發展科
制定耕地特別保護和土地開發政策，監測全市耕地數量變化，研究提出耕地總量增減獎懲措施，負責全市耕地總量動態平衡任務的落實。制定基本農田保護管理制度和措施，組織劃定基本農田保護區，監督檢查基本農田保護工作。負責實施土地開發專項規劃，研究制定土地開發、整理和復墾的政策和具體措施。負責國有投資土地開發整理項目的審批、評審、評估和監督檢查。負責市級土地開發整理資金的管理和使用，組織安排土地開發整理項目，指導縣(區)做好土地開發整理工作。組織全省土地開發整理復墾項目驗收。負責耕地用途管制制度的實施和耕地保護的監督管理；制定和實施耕地開墾計劃，劃定基本農田保護區；擬訂未利用土地開發、土地整理、土地復墾和耕地開發規劃。
建設用地審批管理科
制定農用地轉用和土地征用相關政策和管理辦法，建立和規範農用地轉用和土地征用審批管理制度和工作程序。負責國家、省、市重點建設項目統壹征地的組織協調工作；承擔省市批準的農用地轉用和土地征用申請的審批工作。負責農用地征用和耕地占補平衡的審批。制定征地補償標準和使用管理辦法，指導和監督被征用農用地的補償安置工作。指導、檢查鄉(鎮)村公共設施、公益事業、農村村民住宅等建設用地審批工作。負責涉及農用地的土地置換和指標貼息的審批。
地籍管理科
(大同市人民政府土地登記辦公室)統壹管理全市城鄉地籍和土地管理工作；組織土地資源調查、地籍調查和變更調查、登記發證、土地使用證檢查；調解重大土地權屬糾紛；負責土地統計和土地動態監測。
土地使用管理組
制定土地使用權出讓、租賃、作價出資、轉讓、抵押、交易和政府土地收購儲備管理辦法；指導農村集體非農土地使用權流轉管理；負責全市建設用地的統壹征收和出讓；負責全市臨時用地的管理。
礦產開發管理科
負責審查本行政區域內申請開采礦產資源的采礦登記材料；負責各類礦山企業采礦登記的審查和采礦申請登記材料的換發；負責審核各礦山企業的資源調查意見和計劃，並上報審批；負責省授權的其他金屬非金屬礦產集體和個體私營礦山企業辦理采礦登記、延續和變更采礦登記手續，並代為頒發采礦許可證；監督管理礦產資源的開發、利用和保護；協調解決礦山企業之間的礦區權屬爭議；參與礦山企業礦產資源開發利用年度檢查。
地質環境科
負責地質環境保護的監督管理，組織協調重大地質災害防治工作；組織地質災害調查，編制全市地質災害年度防災計劃；保護古生物化石產地等具有重要價值的地質遺跡；監督地下水的開采，防止地下水的過度開采和汙染，保護地質生態環境。
礦產資源儲備科
(大同市礦產資源儲量委員會辦公室)負責各礦山企業礦產資源儲量管理，審核礦產資源儲量變化情況；負責礦產儲量的登記和統計；組織編制礦產資源供需形勢分析報告，參與制定礦產資源開發、保護和利用的政策。
地質勘探管理科
負責對從事地質勘查活動的施工單位進行登記、監督和檢查；監督管理地質市場，依法保護合法的探礦權；調解重大探礦權糾紛，監督管理礦產資源勘查；組織編制和實施地質勘查計劃；負責地質勘查行業管理。
執法監督科
組織對國土資源管理法律法規實施和遵守情況的監督檢查；擬定全市國土資源違法案件查處規則，與人事、紀檢、公安、檢察、法制等部門建立工作聯系制度，落實國土資源執法責任制、動態巡查制、錯案追究制等制度；組織實施對土地和礦產資源處置、保護、開發利用的監督檢查，指導、監督、檢查市以下國土資源主管部門的行政執法工作；及時直接查處市、縣(區)人民政府及其國土資源部門違反國土資源管理法律法規的行政違法案件和重大國土資源案件；縣(區)國土資源部門對執法監察機構實行業務領導，監督管理其履行職責。
測繪管理科
(大同市測繪管理處)負責實施測繪法律、法規和規範性文件，起草全市測繪行政法規和規章，制定全市測繪發展規劃，並依法監督實施；負責區域測繪工作；指導和檢查全市測繪市場，負責測繪行政處罰和行政復議。
人事科
執行國家人事制度，承擔局機關和直屬單位的機構編制、人事、勞動工資和社會保險管理工作；負責組織實施國家公務員制度；承擔縣(區)國土資源主管部門領導班子、局直屬單位和局機關科級幹部的考核、考察、任免、調動、交流、獎懲、檔案管理等工作；負責組織局機關直屬事業單位技術職稱申報評審和勞動技能鑒定工作。
機關黨委辦公室
負責局機關及直屬單位的黨群工作。
檢查辦公室
根據同辦發[2006 54 38+0]34號文件精神，市紀委、監委向市國土資源局派駐紀檢組、監察室。負責局機關和直屬單位的紀檢監察工作。
離退休幹部管理科
負責統籌機關離退休人員的管理和服務工作；並對直屬單位退休人員的管理和服務工作進行指導、協調、監督和檢查。正科級建制，核定正科級職位1個。