學校特色有中醫內科、針灸推拿、中醫兒科、中醫外科、中西醫結合臨床、中藥炮制技術等。其中中醫內科學是學校的重點建設學科，有著長期深厚的師資積累和科研基礎。近年來，在國內外學術期刊上發表了大量高水平的中醫內科學研究成果，受到廣泛關註和好評。
目前杭州醫學院的綜合排名在全國高校中處於中等水平。但中醫藥學專業在全國排名中壹直處於前列，中醫兒科、中醫內科等專業也具有良好的學術聲譽和教學質量。總的來說，杭州醫學院在專業和學科建設方面取得了不少成績，是壹所很有潛力的醫學院。