桂林市第二人民醫院成立於1916年6月，由夏目、曲振生兩位醫生應教會邀請創辦。原為教會醫院，名為桂林浸信會醫院。當時只有兩個醫生，其中的服務對象是各行各業的人和流離失所的難民，對貧困病人實行免費治療。由於戰爭年代流離失所和貧困患病人數的增加，為了使更多的病人得到救濟，醫院在教會的支持下，增加了19多名醫務人員，為有需要的群眾提供醫療服務。1948年2月，在華美醫院院長S.E.Ayers醫學博士的帶領下，20多名醫生、護士、工人及其家屬從河南抵達桂林，組成桂林浸信會錫安醫院。從建院到解放時期，醫院幾經搬遷，最後從樂群路遷到秀山、漓江附近的疊彩路。作為壹所慈善醫院，解放前救助貧困群眾1萬余人，並參與了1935桂林流行性腦脊髓膜炎、霍亂的防治工作，取得了良好的效果，深受人民群眾的好評。
新中國成立後，醫院移交給政府。6月195110，310桂林市人民政府委員會第四次會議決定將桂林浸信會錫安醫院更名為桂林工人醫院。經過壹系列診療技術改革，醫療服務質量有了很大發展。該院技術創新成果13項，其中4項獎:1項二等獎，3項三等獎。1958 10 6月17桂林市農機廠職工楊被煉鋼鐵水燙傷，面積達60%以上。他受了重傷，處於休克狀態。他被送到工人醫院，醫院積極組織搶救，醫護人員積極獻血獻皮，最終成功挽救了鋼鐵戰士的生命。廣西壯族自治區首例同種異體皮膚移植在桂林工人醫院獲得成功。
1978年，桂林市工人醫院有職工315人，衛生技術人員208人，床位300張。改革開放的號角在全國吹響後，醫院醫療事業的發展猶如雨後春筍，奏響了醫療改革發展的新樂章。1985年5月，桂林市工人醫院更名為桂林市第二人民醫院，總床位354張，住院病人9112人。經過近90年的建設和發展，現有員工914人，副高級以上職稱65人，中級職稱312人，在職研究生46552人。醫院設有24個臨床科室，11醫療科室，25個專科門診，綜合病房，核醫學實驗室。醫療設施齊全，技術先進，服務優良，管理規範。該醫院是桂林市中毒救治中心，是全市唯壹獲得職業健康檢查和職業病診斷資質的醫院。2005年通過考核，成為廣西三級甲等教學醫院。2006年正式成為非直屬附屬醫院，桂林醫學院第二臨床學院。2009年成為桂林市職業病防治院。順應時代發展和人們對健康生活質量的要求，醫院不斷更新技術力量，廣泛開展介入治療、各種內鏡手術、角膜移植、牙種植等先進診療技術。在此基礎上，多項創新技術在該地區和該市開創了先例。
醫院連續四次被全市市民評選為“桂林市最佳服務單位”，先後被評為自治區“文明醫院”、“全區“愛心醫院”、“三星級綠色醫院”、“西南地區優質服務星級單位”、“廣西衛生系統先進單位”、“廣西衛生系統科技工作先進單位”、“桂林市“五壹勞動獎章”、“桂林市“品牌服務單位”。21世紀，歷經90余年風霜雨雪洗禮的桂林市第二人民醫院，秉承“仁愛、敬業、真誠、創新”的醫院校訓，正以嶄新的精神面貌、優雅的醫療環境、高科技的診療技術，為廣大市民提供最優質的醫療保健服務。