印度尼西亞擁有100余個不同人口種群是由於其地理環境及氣候造成的。
印度尼西亞是世界上面積最大的群島國家。印度尼西亞位於亞洲大陸與澳大利亞大陸之間的群島，面積190.45萬平方公裏。據統計，印度尼西亞有17508個島嶼，在尚未被西方殖民者統治之前，印度尼西亞諸島因為分散破碎的分布以及較為落後的生產而難以產生統壹的國家，產生了諸多酋長國、邦國。?
而且島之間居民的交通問題阻礙了經濟和文化的交流和整合，所以才形成了這麽多的種群。 所以即使印度尼西亞作為世界第四人口大國，2.536多億人口也只能散居在約6000個島嶼上。
在古時代，發展外貿的重要條件就是海岸線和港口，群島國家擁有較長的海岸線和較多的港口，占有較為明顯的好處；但壞處也是明顯的，其地緣結構的完整性被破壞了。海洋具有明顯的隔離作用，因此島嶼與島嶼之間的交通聯系受到極大的影響和限制。在經濟層面上，整合難度大，各板塊自成壹體。
印度尼西亞島嶼分布較為分散，東西國土之間直線距離長達5000余公裏，本部有五大主島分別是加裏曼丹島、蘇門答臘島、伊裏安島、蘇拉威西島和爪哇島，國家地理結構呈帶狀分布，除蘇門答臘與爪哇之間的海域較為狹窄外，其余諸島均散落於海上，彼此間距離少在數百公裏以上，多則在1000公裏以上。各主島之間的交通往來因這過於遙遠的海上距離受到極大限制。
除了核心主島爪哇擁有較為寬廣的盆地外，其余四島內部多崎嶇山地和丘陵，山林密布，尤其是蘇拉威西島，大多為山地，僅沿海有狹窄平原。而巴布亞島其內陸更是全為高山雨林。
現在，印度尼西亞最大的民族是爪哇族，占全國人口總數的42%。其次是巽他族，占14%；馬都拉族，占7.5%，這幾個民族主要分布在爪哇島及附近的馬都拉島上。其他較大的民族還有蘇門答臘島上的米南加保族、巴達克族、亞齊族、巨港族、尼亞斯族、門達威族；加裏曼丹島上的達雅族、班查爾族、布吉斯族；蘇拉威西島上的望加錫族、托拉查族、米納哈沙族，以及巴厘島上的巴厘族，龍目島上的薩薩克族，馬魯古群島商的馬魯古族）。
馬來族雖然人數不多，但是分布最廣泛，在蘇門答臘東部沿海，加裏曼丹島沿海以及兩島之間的海上各島都有馬來族居住。除新幾內亞島上的部分民族外，如今印尼的絕大多數民族都是外來移民的後代。